Результаты поиска гипотетических гомологов белка GUAD_BACSU
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку) | |||
| Accession | O67050.1 | 1WWR_A | AEP90450 |
| E-value | 2e-19 | 3e-20 | 4e-110 |
| Вес (в битах) | 84.3 bits | 84.0 bits | 320 bits |
| Процент идентичности | 44/102 (43%) | 47/116 (41%) | 152/156 (97%) |
| 2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) | 20 | 8 | 96 |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Номер находки в списке описаний | 22 | 9 | 100 |
| Accession | O59834.1 | 2G84_A | ZP_08670073 |
| E-value | 5e-10 | 2e-12 | 1e-48 |
| Вес (в битах) | 58.2 bits | 62.4 bits | 164 bits |
| % идентичности | 31/96 (32%) | 37/100 (37%) | 77/156 (49%) |
| % сходства | 48/96 (50%) | 49/100 (49%) | 100/156 (64%) |
| Длина выравнивания | 162 | 197 | 155 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | запрос: 6-101 находка: 13-105 |
запрос: 23-115 находка: 47-146 |
запрос: 1-156 находка: 1-155 |
| Число гэпов | 3/96 (3%) | 7/100 (7%) | 1/156 (1%) |
Краткие комментарии к таблице:
- При поиске во всех трех БД сам белок GUAD_BACSU тоже выдавался в списке находок. Причем (что неудивительно) % идентичности равен 100%, кроме тех записей, которые представляют собой X-ray structure (identities 99%).
- Cравните число явных гомологов (E-value < 1e-10) при поиске по разным БД и поясните возможные причины различий; Но число явных гомологов определяется значением E-value: гомолог считается явным, если его E-value < 1e-10. Поэтому число именно "хороших" результатов при поиске по разным БД различается. Больше всего таковых при поиске по nr (т.е. при невыбранной отпределенной БД, когда BLAST ищет по всем, по которым может), т.к. баз много и нашлось гомологичных записей много. При поиске по PDB и SW "хороших" находок меньше (8 и 20 соответственно), и самые большие значения E-value (т.е. самые последние) 2e-12(PDB) и 5e-10 (SW). Это можно объяснить разным объемом содержащихся в базах записей о белках.
- По умолчанию предельный размер выдачи - 100 результатов. При поиске по nr число находок было лимитировано только заданным по умолчанию предельным размером выдачи. Это видно, потому что у самой последней E-value гораздо < 1 (1e-48). А вот при поиске по SW и PDB число находок явно было ограничено значением E-value: самое последнее 7.3 (PDB) и 7.5 (SW).
Printscreen таблицы выданных результатов при поиске по SW. Первая запись - мой белок.
Printscreen таблицы выданных результатов при поиске по PDB. Первые две записи - crystal и X-ray структуры моего белка.
Printscreen таблицы выданных результатов при поиске по NR. Первая и третья записи - мой белок. Вторая и четвертая - crystal и X-ray структуры моего белка.
Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | Q9S7I0.1 |
| E-value | 3e-20 |
| Вес (в битах) | 81.3 bits |
| % идентичности | 43/99 (43%) |
| % сходства | 57/99 (58%) |
| Длина выравнивания | 1307 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | запрос: 4-102 находка: 1111-1208 |
| Число гэпов | 1/99 (1%) |
Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.
Для выравниваний были использованы следущие параметры:
Gap_penalty: 11.0
Extend_penalty: 1.0
Maatrix: BLOSUM62
Выранивание, полученное программой BLAST:
>sp|Q9S7I0.1|TADA_ARATH RecName: Full=tRNA-specific adenosine deaminase, chloroplastic;
Short=TADA; Flags: Precursor
Length=1307
GENE ID: 843202 TADA | tRNA-specific adenosine deaminase [Arabidopsis thaliana]
(10 or fewer PubMed links)
Score = 81.3 bits (199), Expect = 3e-20, Method: Composition-based stats.
Identities = 43/99 (43%), Positives = 57/99 (58%), Gaps = 1/99 (1%)
Query 4 ETFLKRAVTLACEGVNAGIGGPFGAVIVKDGAIIAEGQNNVTTSNDPTAHAEVTAIRKAC 63
E F++ A+ A + + P GAV+V DG IIA G N V D TAHAE+ IR+
Sbjct 1111 EIFMREALVEAKKAADTW-EVPVGAVLVHDGKIIARGYNLVEELRDSTAHAEMICIREGS 1169
Query 64 KVLGAYQLDDCILYTSCEPCPMCLGAIYWARPKAVFYAA 102
K L +++L D LY + EPCPMC GAI AR + + A
Sbjct 1170 KALRSWRLADTTLYVTLEPCPMCAGAILQARVNTLVWGA 1208
Выранивание, построенное программой needle (команда needle sw:guad_bacsu sw:TADA_ARATH needle.needle):
# Aligned_sequences: 2
# 1: GUAD_BACSU
# 2: TADA_ARATH
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 1311
# Identity: 55/1311 ( 4.2%)
# Similarity: 76/1311 ( 5.8%)
# Gaps: 1159/1311 (88.4%)
# Score: 167.0
#
#=======================================
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 1 MFNTYTNSLQWPIRSRNQQDYCSLLPERSESYKLSKAYTSSRCYCVSSRS 50
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 51 SCCCCCSTPSSSSFVKPKVLINPGFVLYGVRQSTLIQWPSFQRRLLVGGG 100
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 101 RLMGCEVYSSCDGIRRKNRSFKLRCLEESDECCGGRSCSDDVEAMISFLS 150
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 151 EELIDEERKWNLVSRVKEKKKVGNVRKVSVEGSNSYGNGRVSQRVKKPEG 200
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 201 FGRRKEIKEDVKLNERYDCEHCGRRKKSSELESESRRGSKLVTGEYIGKS 250
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 251 YRGDEEREVRPRRRKSSSCSSYYSLASSGEFESDTEDQEEDVEIYRENVR 300
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 301 SSEKKVVDQSAKRLKSRKEASQMHSRKKRDESSTGVDSRYQKQIFEEGEN 350
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 351 SNQAVTLNQRRRKKFSQTENRVSESTGNYEEDMEIHEVHVNDAETSSQNQ 400
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 401 KLFNEREDYRVHSIRNDSGNENIESSQHQLKERLETRYSSEDRVSEMRRR 450
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 451 TKYSSSQEEGINVLQNFPEVTNNQQPLVEERISKQAGTRRTTEHISESSE 500
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 501 IHDIDIRNTYVSQREDQIRNQEVHAGLVSGLQSERKQQDYHIEHNPLQTT 550
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 551 QSDRTSVSVSHTSDAVRYTEIQRKSEKRLIGQGSTTAVQSDSKVEKNGAQ 600
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 601 KEDSRLDHANSKKDGQTTLGLQSYQSKLSEEASSSQSSLMASRTKLQLVD 650
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 651 LVSEEMQGSETTLIPPSSQLVSRRSGQSYRTGGVSIQEISHGTSESGYTT 700
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 701 AFEHPRAGASVNSQSAGELMGFTSHEDAMGSAHRLEQASEKYVGEFVKKA 750
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 751 KHGVINPETEEQRAESNQLKRRDSRRSSGGSGAKGPSDEMWVTDSAQGTP 800
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 801 HPGATEGNAAVGNAIFKRNGRSLWNVIADIARLRWGSRAGSPDSSAKPAG 850
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 851 RSSPNESVSSATWFSGREHDGSSDDNTKGDKVLPQEAPSLHQVEVGQTSP 900
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 901 RSQSEYPGTTKLKQRSERHEGVVSSPSSTILEGGSVSNRMSSTSGNQIVG 950
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 951 VDEEEGGNFEFRLPETALTEVPMKLPSRNLIRSPPIKESSESSLTEASSD 1000
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 1001 QNFTVGEGRRYPRMDAGQNPLLFPGRNLRSPAVMEPPVPRPRMVSGSSSL 1050
GUAD_BACSU 0 -------------------------------------------------- 0
TADA_ARATH 1051 REQVEQQQPLSAKSQEETGSVSADSALIQRKLQRNKQVVRDSFEEWEEAY 1100
GUAD_BACSU 1 -------MNHETFLKRAVTLACEGVNAGIGGPFGAVIVKDGAIIAEGQNN 43
...|.|::.|:..|.:..:.. ..|.|||:|.||.|||.|.|.
TADA_ARATH 1101 KVEAERRTVDEIFMREALVEAKKAADTW-EVPVGAVLVHDGKIIARGYNL 1149
GUAD_BACSU 44 VTTSNDPTAHAEVTAIRKACKVLGAYQLDDCILYTSCEPCPMCLGAIYWA 93
|....|.|||||:..||:..|.|.:::|.|..||.:.||||||.|||..|
TADA_ARATH 1150 VEELRDSTAHAEMICIREGSKALRSWRLADTTLYVTLEPCPMCAGAILQA 1199
GUAD_BACSU 94 RPKAVFYAAEHTDAAEAGFDDSFIY---------KEIDKPAEERTIPFYQ 134
|...:.:.|.: ...|.|.|:|. .|..:.......||:.
TADA_ARATH 1200 RVNTLVWGAPN---KLLGADGSWIRLFPGGEGNGSEASEKPPPPVHPFHP 1246
GUAD_BACSU 135 -------VTLTEHLSPFQAWRNFANKKEY--------------------- 156
|..:|.....|.:.....||:.
TADA_ARATH 1247 KMTIRRGVLESECAQTMQQFFQLRRKKKDKNSDPPTPTDHHHHHLPKLLN 1296
GUAD_BACSU 156 ----------- 156
TADA_ARATH 1297 KMHQVLPFFCL 1307
#---------------------------------------
Выранивание, построенное программой water(команда water sw:guad_bacsu sw:TADA_ARATH water.water):
# Aligned_sequences: 2
# 1: GUAD_BACSU
# 2: TADA_ARATH
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 99
# Identity: 43/99 (43.4%)
# Similarity: 57/99 (57.6%)
# Gaps: 1/99 ( 1.0%)
# Score: 190.0
#
#=======================================
GUAD_BACSU 4 ETFLKRAVTLACEGVNAGIGGPFGAVIVKDGAIIAEGQNNVTTSNDPTAH 53
|.|::.|:..|.:..:.. ..|.|||:|.||.|||.|.|.|....|.|||
TADA_ARATH 1111 EIFMREALVEAKKAADTW-EVPVGAVLVHDGKIIARGYNLVEELRDSTAH 1159
GUAD_BACSU 54 AEVTAIRKACKVLGAYQLDDCILYTSCEPCPMCLGAIYWARPKAVFYAA 102
||:..||:..|.|.:::|.|..||.:.||||||.|||..||...:.:.|
TADA_ARATH 1160 AEMICIREGSKALRSWRLADTTLYVTLEPCPMCAGAILQARVNTLVWGA 1208
#---------------------------------------
| Чем выравнивали | BLAST | needle | water |
| Вес (score) | 199 | 167 | 190 |
| % идентичности | 43/99 (43.4%) | 55/1311 ( 4.2%) | 43/99 (43.4%) |
| % сходства | 57/99 (57.6%) | 76/1311 ( 5.8%) | 57/99 (57.6%) |
| Длина выравнивания | 99 | 1311 | 99 |
| Число гэпов | 1/99 (1.0%) | 1159/1311 (88.4%) | 1/99 ( 1.0%) |
Выравнивания, полученные с помощью BLAST и water, абсолютно одинаковы. Только почему-то различается вес (я не знаю почему). А если сравнить их с тем, что получили с помощью needle, то заметим то же самое на этом участке.
Наверх