Контакты в структуре белка GDEASE_BASCU (PBD ID 1WKQ)

Bсе изображения контактов в белке можно получить с помощью скрипта, а для инсулина другим скриптом.

1. Пример гидрофобного контакта
Командой restrict within(5.0, Phe144:A) получено изображение фениаланина и всех атомов, расположенных от него на расстоянии не более 5 А:

Было замечено, что некоторые остатки вместе с Phe144:A образуют единый гидрофобный кластер.

Собственно взяимодействующие гидрофобные группы представлены на картинке ниже (их атомы - шарики большего размера).


2. Примеры водородных связей между боковыми группами

а) И донором, и акцептором водорода является кислород	b) И донором, и акцептором водорода является азот

3. Пример дисульфидного мостика

В моем белке дифульфидные S-S мостики отсутствуют. Это было проверено командой ssbond.
Зато в молекуле инсулина их 6. Ниже представлен один из них (между двумя остатками цистеина Cys).

Описание контактов белка с лигандом

Изображения можно получить скриптом.

Командой restrict within (5.0, IMD:A) было получено изображение всех атомов вокруг имидазола цепи A:

Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в A	Предположительная природа контакта
N1 IMD(N1 атом молекулы имидазола)	TYR156:B.OH	2.90	Водородная связь
N3 IMD(N3 атом молекулы имидазола)	ASP114:A.OD1	2.87	Водородная связь
C2 IMD(C2 атом молекулы имидазола)	TRP92:B.CH2	3.64	Гидрофобное взаимодействие
C4 IMD(C4 атом молекулы имидазола)	PHE26:A.CE2	3.65	Гидрофобное взаимодействие
C5 IMD(C5 атом молекулы имидазола)	PHE26:A.CD1	3.26	Гидрофобное взаимодействие