Создание описания команды infoseq биоинформатического пакета EMBOSS с примерами использования.

1. Терминал linux.
В ОС Windows запустили Putty и зашли на сервер kodomo, используя свой логин и пароль.
Командой pwd убедились, что находимся в домашней директории: /home/students/y11/janemoiseeva

2. Создаем директорию Pr1.
Командой mkdir в домашней директории создаем директорию Term2 (mkdir ~/Term2), в ней - директорию Block1 (mkdir ~/Term2/Block1), в ней - директорию Practices (mkdir ~/Term2/Block1/Practices), в ней - директорию Pr1 (mkdir ~/Term2/Block1/Practices/Pr1). Командой (ls ~/путь к директории) можно проверить ее содержимое и убедиться, что папки появились.
Для выполнения заданий перейдем в директорию Pr1 (cd ~/Term2/Block1/Practices/Pr1).

3. Получим информацию о своем белке.
Команда infoseq sw:guad_bacsu выдает на терминал информацию о записи GUAD_BACSU банка SwissProt.
Запишем информацию об этом белке в файл с именем GUAD_BACSU.info (infoseq sw:guad_bacsu 1> GUAD_BACSU.info) GUAD_BACSU.info

(Командой infoseq sw:GUAD_BACSU -html 1>html.info можно представить эту информацию ввиде таблицы)

USA	Database	Name	Accession	Type	Length	Organism	Description
sw-id:GUAD_BACSU	sw	GUAD_BACSU	O34598	P	156	Bacillus subtilis	Guanine deaminase (GDEase) (Guanase) (Guanine aminase) (3.5.4.3) (Guanine aminohydrolase) (GAH)

4. Запишем информацию о программе infoseq в файл.
Для этогго можно использовать разные опции:
infoseq –help 2> infoseq.info (infoseq.info)
man infoseq >infoseq1.info (infoseq1.info)

5. Используя "*" в имени последовательности найдите такие же белки в других видах рода Bacillus (infoseq sw:guad_bac* 1> other1.info). Таких не оказалось.

6. Повторите команду из предыдущего задания, используя разные опции изменения выдачи результата.
infoseq sw:guad_bac* 0> other0.info (other0.info)
infoseq sw:guad_bac* 1> other1.info (other1.info)
infoseq sw:guad_bac* 2> other2.info (other2.info)
другие опции и примеры см. 7.

7. The description of command infoseq and it's qualifiers.

Qualifier	Function	Example
-outfile	If you enter the name of a file here then this program will write the sequence details into that file.	infoseq sw:GUAD_BACSU -outfile outfile.info outfile.info
-html	Format output as an HTML table	infoseq sw:GUAD_BACSU -html 1> html.info html.info
-[no]columns	Set this option on to print the sequence information into neat, aligned columns in the output file. Alternatively, leave it unset (N), in which case the information records will be delimited by a character, which you may specify by using the -delimiter option. In other words, if -columns is set on, the -delimiter option is overriden.	infoseq sw:GUAD_BACSU -columns 1> columns.info columns.info infoseq sw:GUAD_BACSU -nocolumns 1> nocolumns.info nocolumns.info
-delimiter	This string, which is usually a single haracter only, is used to delimit individual records in the text output file. It could be a space character, a tab character, a pipe character or any other character or string.	infoseq sw:GUAD_BACSU -nocolumns -delimiter "))" 1> delimiter.info delimiter.info
-only	This is a way of shortening the command line if you only want a few things to be displayed.	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -length 1> onlylength.info/ onlylength.info
-[no]heading	Display column headings	infoseq sw:GUAD_BACSU -heading 1> heading.info heading.info(по умолчанию) infoseq sw:GUAD_BACSU -noheading 1> noheading.info noheading.info
-usa	Display the USA of the sequence. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -usa 1> usa.info usa.info
-database	Display 'database' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -nodatabase 1> nodatabase.info (по умолчанию эта колонка есть) gi.info
-name	Display 'name' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -name 1> name.info gi.info
-accession	Display 'accession' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -accession 1> accession.info gi.info
-type	Display 'type' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -type 1> type.info gi.info
-length	Display 'length' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -length 1> onlylength.info gi.info
-organism	Display 'organism' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -organism 1> organism.info gi.info
-description	Display 'description' column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -only -description 1> description.info gi.info
-gi	Display 'GI' column	infoseq sw:GUAD_BACSU -gi 1> gi.info (по умолчанию не выводится) gi.info
-seqversion	Display 'version' column	infoseq sw:GUAD_BACSU -seqversion 1> seqversion.info gi.info
-pgc	Display 'percent GC content'column. Only with -only	infoseq sw:GUAD_BACSU -pgc 1> pgc.info gi.info
-help	Report command line options and exit. More information on associated and general qualifiers can be found with -help -verbose	infoseq sw:GUAD_BACSU -help 2> help.info help.info

8. The description of command showdb.

showdb is a command line program from EMBOSS. It displays information on configured databases.
Qualifiers: -database, -html, -protein, -nucleic,-full, -methods, boolean -fields, -defined, -release, -only, -heading, -type, -id, -query, -all -comment, -outfile.
See more: man showdb manshowdb.txt

9. The description of command entret.
entret is a command line program from EMBOSS. It retrieves sequence entries from flatfile databases and files
Qualifiers: -sequence,-firstonly, -outfile. See more: man entret manentret.txt

bash

1. Некоторые команды.

pwd	сообщает полное имя текущей директории
ls	показывает содержимое текущей директории
cp <имя файла 1> <имя файла 2>	копирует файл 1 в файл 2
mv <имя файла 1> <имя файла 2>	переименовывает файл
mv <имя файла> <имя поддиректории>	перемещает файл в поддиректорию
rm <имя файла>	уничтожает файл
mkdir <имя поддиректории>	создает поддиректорию
cd <имя поддиректории>	переход в поддиректорию
cd ..	выход из поддиректории (переход в родительскую директорию)
more <имя файла>	просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter")
man <команда>	выдает подробную информацию о команде
wc	подсчитывает число строк, слов и байт в файле

2. Стандартные потоки.
Существует 3 вида стандартных потоков: stdin, stdout и stderr.

stdin	стандартный поток ввода	по умолчанию содержит то, что набирается на клавиатуре во время работы программы (например, в ответ на вопросы программы)
stdout	стандартный поток вsвода	по умолчанию содержание отображается в консольном окне
stderr	стандартный поток ошибок	по умолчанию содержание отображается в консольном окне

Различить stdout и stderr нельзя. Можно перенаправить stdout на stdin другой программы или в файл, при этом stderr будет продолжать выводиться на экран.

3. Перенаправление вывода
Символ > используется для перенаправления стандартного вывода (stdout) команды в файл. Например, команда

 echo hi > hi.txt  hi.txt
 echo bye > bye.txt

приведет к тому, что "hi" будет записано в файл hi.txt. При этом, если файл с таким именем уже существовал, то его старое содержимое исчезнет.

Чтобы дописать stdout команды в конец уже существующего файла, используется сочетание символов >>. Например, команда

 cat hi.txt >> bye.txt  hi.txt bye.txt

приведет к тому, что в файле bye.txt после его старого содержимого окажется еще и содержимое файла hi.txt По команде cat на на экран выводится содержимое указанного. файла.

Чтобы записать в файл stderr можно применить сочетание символов 2>, например:

 ls -help 2> lsstderr.help  lsstderr.help

Для направления stdout одной команды на вход (stdin) другой команды используется "pipe" (конвейер), задаваемый знаком |, например:

 ls -l | more

позволяет просмотреть программой more информацию о файлах в текущей директории.

4. Спецсимволы bash.
Ряд символов вопринимается интерпретатором командной строки bash не буквально, а как указания произвести некоторые операции. Пробел и символ табуляции отделяют друг от друга параметры.
Разные кавычки (одинарные, двойные и обратные) указывают bash воспринимать команды по-разному:

' - символы в таких кавычках воспринимаются буквально; выражение объединяется, но команда, если такая есть в выражении, не распознается как команда.
" - выражение в двойных кавычках объединяется и интерпретируется (т.е. команды распознаются как команды и т.п.); символы $ и ` имеют специальное значение (вызов содержания переменной и подстановка вывода другой команды соответсвтенно); сочетание \ с любым символом превращается в этот символ.
` - выражение в обратных кавычках интерпретируется. Для поиска файлов часто удобно использовать *, ? и [ ]. * заменяет собой любые символы или их отсутствие. ? заменяет какой-либо один символ. С помощью [ ] можно задавать диапазон цифр или букв, например, запись [3-9] обозначает? что будут находиться файлы, где есть любая цифра от 3 до 9.
Символ ! можно использовать для вызова команды из журанала команд. Журнал команд можно посмотреть, выполнив команду history. Выполение команды, записанной в журнале по номером, например, 8, сделать командой: !8.
Символ ; используется для разделения строки на последовательно выполняемые команды. Например,

 cd <имя директории ; ls  

сначала перейти в другую директорию, а затем показать её содержимое.

Поподробнее можно посмотреть, например тут.

5.Найти файл, имя которого содержит "bash_history"/

Искать файл необхожимо командой find. Чтобы осуществить поиск по имени, нужно использовать опцию -name. Так как мы не знаем поkyjuj имени файла, будем использовать символ * для создания маски поиска.

find ~ -name '*bash_history*'

Теперь мы знаем место расположения искомого файла:

/home/students/y11/janemoiseeva/.bash_history

bash при своем закрытии записывает в историю набранные за сеанс команды (не дописывает, а переписывает каждый раз).

Как мы видим, искомый файл начинается с точки, а команда ls по умолчанию игнорирует файлы, которые начинаются с точки, и для того, чтобы просмотреть список всех файлов этой командой, необходимо использовать опцию -a (a от "all">).
Перейдём в директорию, в которой находится искомый файл и выполним команду:

ls -a

Теперь можно видеть список файлов этой директории, в котором присутствует искомый файл .bash_history. 6. Найти и переименовать файл с пробелом в имени.

Снова воспользуемся командой find, осуществим поиск по маске файла:

find ~ -name '* *'

Мы получили список имен файлов, содержащих пробел. Выберем, например, файл /home/students/y11/janemoiseeva/notepad/Notepad++/themes/Plastic Code Wrap.xml. Скопируем его в рабочую директорию при помощи команды cp и переименуем так, чтобы пробела в имени не было:

cp /home/students/y11/janemoiseeva/notepad/Notepad++/themes/Plastic\ Code\ Wrap.xml 
/home/students/y11/janemoiseeva/Term2/Block1/Practices/Pr1/Plastic_Code_Wrap.xml

Командой ls можно убедиться, что файл теперь не содержит пробела.

Наверх