Необходимо провести итеративный поиск программой PSI-BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей: первые три с номерами доступа P18196, P0A832, P17265, а последняя - последовательность моего белка (GUAD_BACSU).

При поиске будем исползовать следущие параметры:



Теперь выполним до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005.
По этим данным выдачи заполним таблицу:

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	4	165	0.004	0.005	995	0.002	0.043
SSRP_ECOLI	P0A832	1	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	3	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
GUAD_BACSU	O34598	1	36	0.005	0.006	74	3e-15	0.017

В первом случае разрыв E-value изменился незначительно (возможно это связано с тем, что если ничего не убирать, в итерациях появляется много новых "лишних" последовательностей, следовательно, есть неспецифичные участки, встречающиеся у многих белков и портящие матрицу).

Во втором белке разрыв сильно вырос (1-я итерация сошлась, следовательно, последовательность специфична)

В третьем случае и в итерациях моего белка разрыв также вырос.

Теперь при e-value 0.001, если никакие последовательности не исключать, то поиск для последовательности P18196 стабилизировался после 2-ой итерации: e-value меньше, требования к находкам строже, следовательно, "случайные" последовательности в той или иной мере отсеиваются.

Наверх