1. Построение вручную выравниваний фрагментов последовательности двух родственных белков.
shortseqs.fasta
alignment1.msf


Процент идентичности = 14/22*100 = 63%
Процент сходства = 14/22*100 = 63%

2. Карта локального сходства последовательностей.
seqs.xls

B2 пустая - gap в первой последовательности (первая последовательность - по горизонтали).
B3 и С4; E6, F7 и G8; J9, K10, L11 и M12; N15 и O16; S20 и T21 - одинаковые остатки (поэтому такие ровные диагонали без gaps).
D5, P17 и R19 - пустые ячейки, т.к. остатки не одинаковы и нет gap.
H9 и I9 пустые - 2 gaps во второй последовательности.
N13 и Т14 пустые - 2 gaps в первой последовательности.

3. Выравнивание первого фрагмента с последовательностью GUAD_BACSU с помощью программы bl2seq.
Программа bl2seq стоит как сервис на сайте NCBI BLASTC. С помощью этого сервиса можно отпределить координаты последовательности фрагмента в полной последовательности белка: начало - 44 а.о., конец - 62 а.о.



4. Выравнивание последовательностb GUAD_BACSU с последовательностью гомологичного (родственного) белка ADAT3_MOUSE с помощью программы bl2seq.

ID белков	GUAD_BACSU	ADAT3_MOUSE
Organism	Bacillus subtilis	Mouse
Fragments 1	76-108	282-314
Identities	48%
Positives	58%
Gaps	0
Fragments 2	21-26	119-124
Identities	67%
Positives	83%
Gaps	0

Карта локального сходства:


Наверх