A- and B- forms of DNA. RNA structure

Задание 1.

Построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.

С помощью программы Рutty создадим директорию Term3/Practice2: 
		mkdir Term3/Practice2
Введем следующие команды, что бы указать путь к 3DNA: 
		export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin
		export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA
С помощью программы fiber пакета 3DNA построим A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc". Для ввода последовательности ДНК используем клавиатуру. 
	fiber -a gatc-a.pdb
	fiber -b gatc-b.pdb
	fiber -z gatc-z.pdb
Структуры дуплекса в А-форме, в B-форме, в Z-форме.

Задание 2.
Упражнение 1.

Научиться выделять разные атомы и химические группировки, используя предопределенные множества RasMol.

А-форма

Скрипт для изображений. Нажми на картинку, чтобы увеличить!

dna
dna
Cахарофосфатный остов A-формы ДНК
dna
dna
Все нуклеотиды Все аденины
dna
dna
Атом N7 во всех гуанинах Атом N7 в первом по последовательности гуанине

B-форма

Скрипт для изображений. Нажми на картинку, чтобы увеличить!

dna
dna
Cахарофосфатный остов B-формы ДНК
dna
dna
Все нуклеотиды Все аденины
dna
dna
Атом N7 во всех гуанинах Атом N7 в первом по последовательности гуанине

Z-форма

Скрипт для изображений. Нажми на картинку, чтобы увеличить!

dna
dna
Cахарофосфатный остов Z-формы ДНК
dna
dna
Все нуклеотиды, только G и С, конечно Все аденины, вернее их отсутствие
dna
dna
Атом N7 во всех гуанинах Атом N7 в первом по последовательности гуанине

Упражнение 2.

DNA-protein complex

1DC1, pdb
dna
dna
dna

Methionyl-tRNAfMet transformylase complexed with formyl-methionyl-tRNAfMet

2FMT, pdb
dna
dna
dna

Упражнение 3.

Разрывы в структурах нуклеиновых кислот из 1DCС1 и 2FMT не обнаружены.

Задание 3.
Упражнение 1.

У cytosine (выбрала четвертый) посмотрела, какие атомы куда направлены. В таблице ниже '+++' отмечены атомы, явно направленные в сторону большой бороздки (на картинках красные), а '---' - в сторону малой (на картинках синие). Остальные атомы основания к бороздкам не обращены.

B-форма 

ATOM     65  O1P   C A   4      10.072  -2.945  -7.520
ATOM     66  O2P---C A   4       9.120  -1.561  -9.385
ATOM     67  O5'   C A   4       8.094  -3.791  -8.830
ATOM     68  C5'+++C A   4       7.132  -4.443  -7.979
ATOM     69  C4'+++C A   4       5.883  -4.778  -8.770
ATOM     70  O4'+++C A   4       4.919  -3.686  -8.773
ATOM     71  C3'   C A   4       6.097  -5.085 -10.252
ATOM     72  O3'+++C A   4       5.197  -6.115 -10.643
ATOM     73  C2'---C A   4       5.704  -3.797 -10.975
ATOM     74  C1'   C A   4       4.491  -3.471 -10.109
ATOM     75  N1    C A   4       4.033  -2.058 -10.226
ATOM     76  C2    C A   4       2.666  -1.809 -10.135
ATOM     77  O2 ---C A   4       1.896  -2.761  -9.962
ATOM     78  N3    C A   4       2.228  -0.528 -10.240
ATOM     79  C4    C A   4       3.095   0.476 -10.427
ATOM     80  N4    C A   4       2.618   1.708 -10.523
ATOM     81  C5 ---C A   4       4.505   0.241 -10.524
ATOM     82  C6 ---C A   4       4.922  -1.046 -10.417
dna

Скрипт для изображения
dna

Расположение тех же атомов в A- и Z- формах

На рисунках видно, что в обеих формах эти атомы (как и остальные атомы основания) обращены к большой бороздке.
dna
dna

Упражнение 2.

Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

 A-формаB-формаZ-форма
Тип спирали (правая или левая) праваяправаялевая
Шаг спирали (Å) 28.0333.7543.50
Число оснований на виток 111012
Ширина большой бороздки (Å) 16.9717.9118.30
Ширина малой бороздки (Å) 7.9811.699.87

Изображения расстояний для А-формы:
Большая бороздка Малая бороздка
dna
dna

Изображения расстояний для B-формы:
Большая бороздка Малая бороздка
dna
dna

Изображения расстояний для Z-формы:
Для удобства был создан файл gatc-z1.pdb, аналогичный gatc-z.pdb, с той лишь разницей, что в нем число повторов не 5, а 20.
Большая бороздка Малая бороздка
dna
dna

Упражнение 3.

Сравнить торсионные углы в структурах А- и В-форм.

α β γ δ ε ξ χ

А-form(presentation)
-62 173 52 88 или 3 178 -50 -160

A-form (Rasmol)
-51.68 174.79 41.73 79.03 -147.78 -75.05 -157.18

B-form (presentation)
-63 171 54 123 или 131 155 -90 -117

B-form (Rasmol)
-29.87 136.32 31.14 143.35 -140.76 -160.49 -97.95

Задание 4.

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Полезная информация о пакете с сайта kodomo

(чтобы потом, когда я все забуду, было, где посмотреть)

1. Пакет 3DNA пока работает только со старым форматом PDB. Для перевода файлов в старый формат нужно использовать программу remediator, установленную на kodomo. Синтаксис: 
			remediator --old ''XXXX.pdb'' > ''XXXX_old.pdb
2. В пакет входят программы для
  • простейшего моделирования структуры нуклеиновых кислот (fiber);
  • анализа параметров структуры нуклеиновых кислот (find_pair и analyze );
  • получения популярных способов изображения структуры нуклеиновых кислот (программы pdb2img, stack2img, rotate_mol );
  • некоторые вспомогательные программы (например, ex_str, вырезающая фрагмент структуры).

3. Предлагаемая версия пакета работает в операционной системе LINUX. Все программы совместимы (т.е. можно написать скрипт, последовательно выполняющий ряд команд, и конвейер (pipe), передающий выходной файл одной программы на вход другой).
Запуск любой программы пакета с опцией -h выведет на экран краткое описание программы и подсказку к ней.

Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы find_pair и analyze.

4. Программа find_pair определяет спаренные основания и положения спиралей в структуре. Синтаксис: 
			find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp
(не нужно забывать об опции -t ,т.к. часто модифицированные нуклеотиды РНК описаны в поле HETATM, а не ATOM!) 5. Полученные данные необходимы для работы analyze. Можно перенаправить результат работы find_pair на вход программе analyze: 
			find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze
6. В результате будет создан ряд файлов с описанием разных параметров структуры:
  • в файле XXXX.out можно найти описание водородных связей, значения всех торсионных углов, ширину малой и большой бороздки.
  • в файл staking.pdb будут записаны преобразованные координаты всех динуклеотидных пар, их используют для получения общепринятого изображения стекинг-взаимодействий.
7. Для получения изображения стекинг-взаимодействий нужно:
  • в исходном файле PDB определить номера остатков, между которыми предполагаете стекинг-взаимодействие
  • найти в файле staking.pdb номер структуры Section#0008 - это структура №8), описывающей координаты искомых нуклеотидных остатков
  • вырезать эту структуру в отдельный файл с помощью команды 
    			ex_str -8 stacking.pdb step8.pdb
  • построить изображение с помощью команды 
    			stack2img -cdolt step8.pdb step8.ps
8. Получившийся ps-файл можно непосредственно импортировать в документ Word.

9. Чтобы вставить картинку в HTML-документ, придётся открыть ps-файл ассоциированной программой Ghost и конвертировать картинку в формат PNG или JPEG.

10. Программа pdb2img даст изображение полной структуры нуклеиновой кислоты, в котором нуклеотиды представлены как блоки. Чтобы выбрать необходимые параметры и опции программы pdb2img, запустите её с опцией -h и внимательно прочитайте выданную подсказку.

11. Для поворота молекулы

Подготовка файлов для анализа

		cd /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/
		export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin
		export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA
		cd /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/a
		find_pair -t gatc-a.pdb stdout | analyze
		cd /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/b
		find_pair -t gatc-b.pdb stdout | analyze 
		cd /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/z
		find_pair -t gatc-z.pdb stdout | analyze 
		cd /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/2fmt
		remediator --old ''2FMT.pdb'' > ''2fmt_old.pdb
		find_pair -t 2fmt_old.pdb stdout | analyze 
		remediator --old ''1DC1.pdb'' > ''1dc1_old.pdb
		find_pair -t 1dc1_old.pdb stdout | analyze
Получили ряд файлов ряд файлов с описанием разных параметров структуры (их все можно найти в директории /home/students/y11/janemoiseeva/Term3/Practice2/).

Упражнение 1.

Научиться определять торсионные углы нуклеотидов.

  • Сравнить значения торсионных углов в структурах А-, В- и Z-форм ДНК (файлы gatc-b.pdb, gatc-а.pdb, gatc-z.pdb, созданные при выполнении задания 3); определить, значения каких углов отличаются в наибольшей степени.

Торсионные углы A-формы:

 

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   2 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
   7 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 C    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.0  -157.2
   9 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
  13 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  16 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  17 G    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  18 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  19 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  20 C    -51.7   174.8    41.7    79.1    ---     ---   -157.2

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -51.7   174.8    41.7    79.0    ---     ---   -157.2
   2 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   7 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   9 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  13 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  16 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
  17 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  18 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  19 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  20 G     ---    174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

Торсионные углы B-формы:

 

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   2 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   4 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   5 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
   9 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  10 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  14 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  15 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  17 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  18 A    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  19 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  20 C    -29.9   136.3    31.2   143.3    ---     ---    -98.0


Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0
   2 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   3 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   4 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   5 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   6 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   7 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
   8 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
   9 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  10 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  11 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  12 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  13 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  14 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
  15 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  16 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  17 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  18 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
  19 A    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
  20 G     ---    136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

Торсионные углы Z-формы:

 

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   2 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   3 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   4 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   5 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   6 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   7 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   8 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   9 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  10 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  11 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  12 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  13 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  14 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  15 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  16 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  17 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  18 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  19 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  20 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6    ---     ---   -154.3


Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6    ---     ---   -154.3
   2 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   3 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   4 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   5 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
   6 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   7 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
   8 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
   9 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  10 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  11 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  12 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  13 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  14 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  15 C   -139.5  -136.8    50.9   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  16 G     51.9   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  17 C   -139.5  -136.8    50.8   137.6   -96.5    82.0  -154.3
  18 G     52.0   179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
  19 C   -139.5  -136.7    50.9   137.6   -96.5    81.9  -154.3
  20 G     ---    179.0  -173.8    94.9  -103.6   -64.8    58.7
Видно, что во всех структурах углы при разных основаниях практически совпадают. Поэтому можно составить таблицу поменьше:

α β γ δ ε ξ χ

А-form
-51.7 174.8 41.7 79 -147.8 -75.1 -157.2

B-form

-29.9 136.35 31.15 143.35 -140.8 -160.5 -98

Z-form (for cytozines)
-139.5 -136.75 50.85 137.6 -96.5 82.0 -154.3

Z-form (for guanines)
51.9 179.0 -173.8 94.9 -103.6 -64.8 58.7

Из таблицы видно, что
  • Углы α различаются в разных формах.
  • Углы β близки по значению, разве что Zc имеет отрицательный знак.
  • Углы γ близки по значению все, кроме Zg.
  • Углы δ различаются, но похожи у B и Zc.
  • Углы ε различаются по значению, но все отрицательные.
  • Углы ξ различаются.
  • Углы χ различаются, но A и Zc близки.
  • Определить значения торсионных углов в заданной структуре тРНК; определить, на какую из форм больше всего похожа заданная структура.

Торсионные углы тРНК 2FMT

 

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G     ---    134.7    75.1    79.1  -135.0   -86.2   177.3
   2 C    -49.2   173.5    45.7    81.5  -136.8   -68.5  -151.1
   3 G    -57.5   169.1    58.9    78.3  -165.9   -82.5  -171.4
   4 G    -70.1   179.0    59.4    86.2  -150.9   -64.8  -173.7
   5 G    -69.5   177.8    64.5    81.9  -167.1   -76.1  -176.9
   6 G    -77.3  -172.7    61.3    92.9    ---     ---   -161.6
   7 G     ---   -125.1    76.7    89.5  -160.7   -63.6   179.8
   8 U    -74.6  -165.7    54.3    87.8  -159.7   -67.1  -146.4
   9 C    -71.3  -175.4    45.3    80.4  -150.7   -73.7  -152.3
  10 G    -69.6   157.9    66.5    79.4  -158.8   -69.8  -170.3
  11 G    -69.0  -170.5    53.3    80.3  -163.5   -66.2  -157.7
  12 u    -65.6  -167.7    48.4    82.7  -145.5   -48.8  -153.9
  13 P    -71.5  -175.5    52.4    88.0    ---     ---   -124.7
  14 A     ---    167.9    55.4    78.2    ---     ---   -167.9
  15 A     ---   -116.9    58.1    87.4  -167.8   -65.4   178.1
  16 C    -68.9  -170.2    52.5    87.3  -156.8   -71.9  -157.4
  17 C    -53.8   174.4    40.4    79.9  -157.3   -72.4  -167.5
  18 C    -66.7   176.8    51.0    80.9  -150.6   -72.8  -170.8
  19 G    -58.0   174.3    53.3    80.7  -156.7   -70.9  -165.3
  20 A    -61.2   174.9    55.8    82.0  -151.3   -91.2  -162.6
  21 A    -39.6   157.2    45.9    84.4    ---     ---   -148.6
  22 G     ---   -168.5    54.5    83.6  -156.3   -65.6   178.0
  23 A    -71.6  -162.1    46.9    83.3  -159.7   -70.5  -167.5
  24 G    -72.5  -172.7    51.8    83.7  -166.0   -53.8  -159.1
  25 C    167.7  -179.9   171.8    86.3  -151.0   -64.4  -165.7
  26 A    -72.0  -175.5    56.8    77.8  -157.3   -54.6  -170.9
  27 G    -71.4   176.6    63.5    89.3    ---     ---   -157.6
  28 G     ---   -172.8   157.3   148.1    ---     ---   -105.6
  29 G     ---   -163.7    61.3    81.8  -147.6   -77.2  -171.4
  30 C    -57.8  -175.0    42.9    79.9  -139.1   -68.7  -150.9
  31 G    -58.8   168.3    63.4    78.1  -159.1   -86.6  -171.1
  32 G    -59.8   170.5    58.0    86.8  -150.2   -63.8  -171.0
  33 G    -74.7   178.2    62.5    83.8  -173.9   -71.8  -173.8
  34 G    -85.5  -162.3    64.8    98.5    ---     ---   -158.7
  35 G     ---   -120.4    73.4    89.9  -164.6   -60.3  -179.9
  36 U    -75.5  -163.6    53.8    86.7  -152.2   -73.6  -151.7
  37 C    -65.9   177.5    44.7    81.2  -153.1   -75.6  -148.9
  38 G    -63.6   155.2    61.2    77.9  -157.5   -70.0  -169.1
  39 G    -66.2  -173.2    52.4    81.1  -160.7   -67.8  -161.2
  40 u    -69.6  -167.0    48.7    81.8  -149.6   -47.3  -151.6
  41 P    -82.4  -166.9    55.2    91.0    ---     ---   -134.4
  42 A     ---    179.6    49.7    86.1    ---     ---   -156.2
  43 A     ---   -155.6    51.0    81.5  -144.5   -70.5  -168.6
  44 C    -72.5  -172.2    49.1    86.0  -151.9   -70.6  -157.7
  45 C    -61.4   175.2    51.1    83.1  -163.6   -72.8  -166.2
  46 C    -73.8  -177.2    52.1    82.6  -156.3   -73.9  -168.1
  47 G    -58.5   178.0    52.0    84.6  -157.0   -71.9  -165.9
  48 A    -56.7   176.7    51.0    84.2  -152.5   -88.1  -164.5
  49 A    -46.1   159.3    50.8    85.2    ---     ---   -145.5
  50 G     ---   -163.7    52.4    85.3  -151.2   -68.8   177.7
  51 A    -68.5  -167.3    51.2    84.2  -158.6   -69.1  -168.4
  52 G    -79.2  -169.4    52.8    81.3  -165.2   -36.3  -154.9
  53 C   -168.4   156.6   162.8    85.6  -150.9   -64.0  -164.6
  54 A    -70.4  -174.4    52.4    78.4  -155.5   -57.7  -171.6
  55 G    -67.5   174.5    62.7    88.7  -126.4   -56.5  -157.1
  56 C    -75.9  -157.0    54.1   149.4    ---     ---    -81.9
  57 G     ---   -115.2  -171.5   146.8    ---     ---   -141.2



Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -48.4   167.0    56.7    81.3    ---     ---    178.5
   2 G    -71.8  -165.7    51.2    82.8  -145.2   -77.7  -178.5
   3 C    -64.6   176.5    55.0    82.4  -175.9   -71.0  -165.8
   4 C    -68.6  -172.0    45.2    80.9  -159.8   -73.0  -175.1
   5 C    -58.6   179.6    51.9    83.9  -159.5   -69.4  -157.8
   6 C    -68.0   177.6    53.6    82.7  -153.8   -65.8  -158.3
   7 C    -54.1   170.8    55.9    82.0  -149.1   -80.3  -165.5
   8 G    -76.3  -162.9    48.8    81.8  -158.1   -67.4  -162.9
   9 G    -68.2  -179.7    51.9    81.8  -168.1   -66.9  -160.2
  10 C    -73.1  -164.6    45.4    82.8  -157.5   -74.1  -160.2
  11 C     ---   -178.2    40.1    82.2  -151.9   -70.5   177.0
  12 A     ---   -153.9    53.9   147.4    ---     ---    -88.5
  13 G     ---    -64.2  -155.3   147.8    ---     ---    175.6
  14 U    177.4   148.4   143.6    87.8    ---     ---    177.5
  15 c    -45.4   169.0    46.4    79.9   172.8   -22.3  -157.4
  16 G    -56.5  -172.2    43.8    78.7  -145.5   -67.2  -162.7
  17 G    -51.8   164.2    55.1    77.2  -155.8   -63.9  -170.5
  18 G    -54.0   175.9    45.3    79.8  -146.8   -74.1  -164.6
  19 C    -62.7   165.8    46.8    79.5  -151.3   -77.9  -147.6
  20 U    -59.4   171.2    48.5    82.3  -136.3   -83.1  -168.9
  21 G    -64.6   178.7    47.8    83.3  -148.8   -66.3  -173.2
  22 C    148.0  -171.7  -175.4    85.1  -147.0   -67.2  -178.6
  23 U    -69.4   179.3    51.1    83.8  -167.2   -60.1  -165.5
  24 C    -56.8  -177.5    47.1    83.9  -148.6   -70.5  -159.2
  25 G     ---    135.1    36.9    78.9  -155.3   -70.0  -177.2
  26 u     ---    158.6    54.7    84.5    ---     ---   -173.8
  27 C     ---   -101.4   167.0   142.1    ---     ---   -164.6
  28 C     ---    166.7    47.5    85.6    ---     ---   -153.3
  29 C    -51.4   173.3    58.7    83.5    ---     ---    179.4
  30 G    -85.8  -154.9    54.3    82.5  -150.3   -74.6  -179.5
  31 C    -61.8   169.0    55.9    83.4   174.9   -65.6  -167.0
  32 C    -62.4  -174.8    43.0    82.1  -154.8   -77.4  -173.4
  33 C    -60.4  -178.4    52.9    85.1  -159.2   -72.3  -161.4
  34 C    -65.1   179.0    51.1    81.4  -149.5   -67.0  -157.2
  35 C    -53.3   173.0    55.4    80.0  -152.9   -74.0  -159.2
  36 G    -71.7  -168.3    45.1    79.9  -159.0   -66.7  -162.9
  37 G    -67.7   176.6    51.3    83.6  -162.8   -69.7  -164.1
  38 C    -75.3  -160.8    43.3    81.8  -155.4   -76.9  -159.8
  39 C     ---    177.0    39.8    82.4  -157.6   -63.0  -178.5
  40 A     ---   -156.5    55.9   145.4    ---     ---    -95.4
  41 G     ---    138.6   145.2   148.9    ---     ---   -160.4
  42 U    -92.0  -176.5    64.5    80.6    ---     ---   -163.1
  43 c    -38.7   159.6    40.7    79.4  -159.9   -54.2  -161.1
  44 G    -50.2  -179.6    43.5    78.5  -143.0   -72.6  -161.4
  45 G    -59.9   164.3    61.5    80.2  -160.4   -68.9  -171.4
  46 G    -52.6   177.8    44.3    81.6  -145.4   -73.1  -163.1
  47 C    -66.4   169.6    47.7    81.6  -154.5   -76.1  -150.2
  48 U    -68.2   172.2    59.1    80.5  -134.7   -80.8  -172.7
  49 G    -66.6   177.6    50.8    83.1  -149.8   -66.4  -167.6
  50 C    152.2  -171.2  -176.5    83.4  -141.7   -66.8   176.3
  51 U    -74.4  -175.8    52.4    85.4  -167.0   -62.3  -158.8
  52 C    -51.0   176.6    47.5    82.1  -147.4   -71.4  -169.7
  53 G     ---    142.7    33.3    80.0  -154.9   -74.0  -178.8
  54 u     ---    160.5    53.3    83.2    ---     ---   -176.9
  55 C     ---     99.9    71.2   135.2    ---     ---   -155.5
  56 A     ---    167.9    59.7    87.7    ---     ---    178.8
  57 C     ---    153.0    38.6    82.7    ---     ---   -155.5
Сложно сказать, какую форму ДНК напоминает эта молекула тРНК. Но, мне кажется, что больше всего похоже на Z.
  • Определить торсионные углы в заданной структуре ДНК; с помощью Excel определить среднее значение каждого из торсионных углов (краевые нуклеотиды не рассматривать); определить номер самого "деформированного" нуклеотида.

Торсионные углы DNA-protein complex 1DC1

 

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 T     ---    148.3    84.9    87.9   172.7   -71.2  -128.3
   2 A    -59.2   176.1    48.2   139.5   -64.7   146.8  -106.8
   3 C     57.2  -143.1  -171.1    82.6  -155.1   -68.4  -163.7
   4 T    -77.0  -174.1    54.2    84.9  -145.8   -62.8  -154.5
   5 C    -64.0  -179.9    60.1   139.5  -147.4  -160.3  -115.7
   6 G    -49.4   145.1    53.9   151.5   -89.4  -172.9  -107.3
   7 A   -100.9   139.9    39.1    73.1  -168.5   -76.1  -147.3
   8 G    158.4  -151.7   170.2    98.4  -153.6   -66.4  -171.2
   9 T    -61.6   176.1    54.5    95.4  -173.5   -74.2  -155.1
  10 A    -57.7  -177.7    56.3   138.6  -151.0  -115.6  -116.6
  11 T    -59.0   155.8    50.9   131.3    ---     ---   -100.1


Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 A    -44.4  -179.8    44.4   139.2    ---     ---   -114.0
   2 T    -66.6   178.4    53.2    90.7  -171.4   -81.1  -151.2
   3 G    153.2  -149.9   173.2    97.4  -152.6   -66.5  -175.9
   4 A   -100.9   142.4    37.6    76.3  -173.2   -77.5  -145.9
   5 G    -49.8   147.3    53.2   149.5   -87.7  -174.7  -108.3
   6 C    -59.5   179.1    58.1   140.2  -149.4  -156.6  -116.7
   7 T    -71.4  -172.6    50.3    84.7  -145.8   -65.4  -150.5
   8 C     60.4  -150.8  -173.9    86.6  -155.0   -68.3  -161.9
   9 A    -41.7   163.3    39.0   134.1   -60.5   142.2  -105.6
  10 T    -43.8   167.8    43.0    96.3  -177.1   -90.8  -120.7
  11 A     ---    133.0    56.2   139.6   178.0   -98.1   -95.5
Самым "деформированным" нуклеотидом можно назвать второй нуклеотид первой цепи (А).

angles.xlsx

dna

Упражнение 2.

Научиться определять структуру водородных связей.

  • Определить номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК.
  • Определить неканонические пары оснований в структуре тРНК.
  • Определить, есть ли дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (для этого следует рассмотреть комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям).
Так как сначала было ничего не понятно, пришлось почитать статью.
В ней приведена общая схема вторичной структуры тРНК:
dna dna

Для исследования была выбрана цепь C, представляющая метионил-тРНК с последовательностью: 
[1] 5’ CGCGGGG4SUGGAGCAGCCUGGH2UAGCUCGUCGGGOMCUCAUAACCCGAAGAUCGUCGG5MUPSUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA 3’ [76]
Как можно заметить, на 3’-конце есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота метионин.

В выходном файле 2fmt_old.pdb есть информация о водородные связях: 
RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)

            Strand I                    Strand II          Helix
   1   (0.017) C:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:C (0.004)     |
   2   (0.006) C:...3_:[..C]C-----G[..G]:..70_:C (0.006)     |
   3   (0.008) C:...4_:[..G]G-----C[..C]:..69_:C (0.005)     |
   4   (0.004) C:...5_:[..G]G-----C[..C]:..68_:C (0.014)     |
   5   (0.009) C:...6_:[..G]G-----C[..C]:..67_:C (0.009)     |
   6   (0.006) C:...7_:[..G]Gx----C[..C]:..66_:C (0.003)     |
   7   (0.005) C:..49_:[..G]G-----C[..C]:..65_:C (0.006)     |
   8   (0.009) C:..50_:[..U]U-*---G[..G]:..64_:C (0.007)     |
   9   (0.006) C:..51_:[..C]C-----G[..G]:..63_:C (0.006)     |
  10   (0.015) C:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:C (0.002)     |
  11   (0.009) C:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:C (0.010)     |
  12   (0.013) C:..54_:[5MU]u-**-xA[..A]:..58_:C (0.005)     |
  13   (0.043) C:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:C (0.007)     x
  14   (0.005) C:..35_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:C (0.005)     |
  15   (0.005) C:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:C (0.009)     |
  16   (0.005) C:..39_:[..C]C-----G[..G]:..31_:C (0.013)     |
  17   (0.006) C:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:C (0.008)     |
  18   (0.004) C:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:C (0.006)     |
  19   (0.007) C:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:C (0.005)     |
  20   (0.004) C:..43_:[..A]A-----U[..U]:..27_:C (0.006)     |
  21   (0.012) C:..44_:[..A]Ax*---G[..G]:..26_:C (0.010)     |
  22   (0.015) C:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:C (0.007)     |
  23   (0.005) C:..11_:[..A]A-----U[..U]:..24_:C (0.008)     |
  24   (0.007) C:..12_:[..G]G-----C[..C]:..23_:C (0.005)     |
  25   (0.009) C:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:C (0.004)     |
  26   (0.008) C:..14_:[..A]A-**-xu[4SU]:...8_:C (0.006)     |
  27   (0.007) C:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:C (0.006)     x
  28   (0.019) C:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:C (0.004)     +
 

Note: This structure contains 17[9] non-Watson-Crick base-pairs.
Здесь показаны взаимодействия не с первого нуклеотида (цитозин), потому что цепь заканчивается аденином, что означает отсутсвие комплементарного взаимодействия.

Стебли

В соответствии с полученными данными, и руководствуясь статьей, можно определить:
  • Акцепторный стебель состоит из участка 2-6 и комплементарного ему участка 67-71 (голубой)
  • Т-стебель – 49-53 и комплементарного ему участка 61-65 (оранжевый)
  • D-стебель – 10-13 и комплементарного ему участка 22-25(фиолетовый)
  • Антикодоновый стебель – 26-30 и комплементарного ему участка 40-44(зеленый)
dna

Водородные связи у неканонических пар

Водородные связи образуются так же и между неканоническими парами оснований (отмечены * в выходном файле). Таких пар 8 (в добавок к 45 каноническим).

Антикодонная петля содержит антикодон метионина CAU (красным на рисунке).

Дополнительные водородные связи

Комплементарные пары, не имеющие отношение к стеблям и стабилизирующие третичную структуру тРНК: 
12   (0.013) C:..54_:[5MU]u-**-xA[..A]:..58_:C (0.005)     |
13   (0.043) C:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:C (0.007)     x
24   (0.007) C:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:C (0.006)     +
25   (0.019) C:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:C (0.004)     +
26   (0.005) C:..33_:[..U]Ux*--xA[..A]:..35_:C (0.005)     +
  • взаимодействия между 54 и 58 - взаимодействия в Т-петле
  • водородные связи между 55 и 18, 19 и 56 - дополнительные связи между D- и Т-петелями, стабилизирующие третичную структуру тРНК, при этом пара 55-18 - неканоническая, 19-56 - каноническая.
  • 33-35 - взаимодействия в V-петле.

Упражнение 3.

Научиться находить возможные стекинг-взаимодействия.

Откройте файл ХХХХ.out с характеристикой структуры тРНК. Найдите данные о величине площади "перекрывании" 2-х последовательных пар азотистых оснований. Для пар с наибольшими значениями получите стандартное изображение стекинг-взаимодействия. Полезно также сравнить изображения с максимальной и минимальной площадью перекрывания; проверить взаимную ориентацию оснований с помощью RasMol.

В файле 2fmt_old.pdb находим информацию о перекрывании азотистых оснований, она имеет вид: 

     step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 GC/GC  3.12( 1.31)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.93( 1.84)  7.05( 3.15)
   2 CG/CG  0.41( 0.03)  0.00( 0.00)  3.52( 0.90)  0.00( 0.00)  3.93( 0.93)
   3 GG/CC  2.17( 0.75)  0.00( 0.00)  0.82( 0.00)  0.00( 0.00)  2.99( 0.75)
   4 GG/CC  2.82( 1.24)  0.00( 0.00)  1.22( 0.00)  0.00( 0.00)  4.03( 1.24)
   5 GG/CC  1.92( 0.53)  0.00( 0.00)  0.27( 0.00)  0.04( 0.00)  2.22( 0.53)
   6 GG/CC  2.54( 1.05)  0.00( 0.00)  0.02( 0.00)  0.06( 0.00)  2.62( 1.05)
   7 GU/GC  5.43( 2.45)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.29( 3.77) 12.72( 6.22)
   8 UC/GG  0.61( 0.00)  0.00( 0.00)  0.25( 0.00)  1.84( 0.52)  2.70( 0.52)
   9 CG/CG  1.80( 0.70)  0.00( 0.00)  2.36( 0.35)  0.00( 0.00)  4.16( 1.05)
  10 GG/CC  2.73( 1.23)  0.00( 0.00)  0.75( 0.00)  0.00( 0.00)  3.48( 1.23)
  11 Gu/AC  8.26( 3.56)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.48( 1.21) 11.74( 4.77)
  12 uP/GA  5.33( 0.21)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.31( 1.89)  9.65( 2.10)
  13 PA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  14 AA/cU  6.15( 4.41)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.80( 1.70)  9.95( 6.11)
  15 AC/Gc  1.01( 0.76)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.05( 2.84)  8.07( 3.60)
  16 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.23( 0.00)  3.05( 1.52)  4.28( 1.52)
  17 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.45( 0.00)  3.61( 2.12)  4.07( 2.12)
  18 CG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.35( 1.63)  0.00( 0.00)  4.35( 1.63)
  19 GA/UC  3.42( 1.99)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.59( 0.00)  4.02( 1.99)
  20 AA/GU  1.54( 0.67)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.08( 2.37)  6.62( 3.03)
  21 AG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.10( 1.09)  0.00( 0.00)  3.10( 1.09)
  22 GA/UC  1.12( 0.00)  0.00( 0.00)  0.63( 0.00)  0.00( 0.00)  1.75( 0.00)
  23 AG/CU  1.15( 1.15)  0.00( 0.00)  0.46( 0.00)  0.53( 0.01)  2.13( 1.16)
  24 GC/GC  6.25( 2.34)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.40( 1.88) 10.65( 4.22)
  25 CA/uG  0.00( 0.00)  0.37( 0.00)  5.92( 4.78)  0.00( 0.00)  6.28( 4.78)
  26 AG/Cu  2.78( 0.79)  0.00( 0.00)  0.01( 0.00)  0.00( 0.00)  2.79( 0.79)
  27 GG/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  28 GG/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  29 GC/GC  3.37( 1.39)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.81( 1.75)  7.17( 3.14)
  30 CG/CG  0.13( 0.01)  0.00( 0.00)  3.86( 1.13)  0.00( 0.00)  3.99( 1.14)
  31 GG/CC  2.78( 1.29)  0.00( 0.00)  0.54( 0.00)  0.07( 0.00)  3.39( 1.29)
  32 GG/CC  3.06( 1.50)  0.00( 0.00)  0.95( 0.00)  0.00( 0.00)  4.01( 1.50)
  33 GG/CC  1.53( 0.31)  0.00( 0.00)  0.46( 0.00)  0.07( 0.00)  2.07( 0.31)
  34 GG/CC  2.28( 0.65)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.53( 0.11)  2.82( 0.75)
  35 GU/GC  5.15( 2.22)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.80( 3.32) 11.95( 5.55)
  36 UC/GG  1.31( 0.04)  0.00( 0.00)  0.06( 0.00)  1.78( 0.45)  3.15( 0.49)
  37 CG/CG  1.57( 0.33)  0.00( 0.00)  1.93( 0.13)  0.01( 0.00)  3.51( 0.46)
  38 GG/CC  3.00( 1.47)  0.00( 0.00)  0.46( 0.00)  0.00( 0.00)  3.46( 1.47)
  39 Gu/AC  8.28( 3.28)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.67( 1.35) 11.95( 4.63)
  40 uP/GA  4.71( 0.24)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.22( 1.13)  7.93( 1.37)
  41 PA/UG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  42 AA/cU  5.09( 3.72)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.93( 3.05) 11.02( 6.76)
  43 AC/Gc  2.39( 1.52)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.46( 4.50)  9.85( 6.02)
  44 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.95( 0.00)  3.13( 1.61)  4.08( 1.61)
  45 CC/GG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.43( 0.00)  3.97( 2.57)  4.41( 2.57)
  46 CG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.54( 1.81)  0.00( 0.00)  4.54( 1.81)
  47 GA/UC  2.98( 1.48)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.51( 0.00)  3.49( 1.48)
  48 AA/GU  1.18( 0.46)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.10( 2.41)  6.29( 2.87)
  49 AG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.31( 0.65)  0.00( 0.00)  2.31( 0.65)
  50 GA/UC  1.06( 0.00)  0.00( 0.00)  0.82( 0.00)  0.00( 0.00)  1.88( 0.00)
  51 AG/CU  1.11( 1.08)  0.00( 0.00)  0.54( 0.00)  0.32( 0.00)  1.97( 1.08)
  52 GC/GC  5.27( 1.38)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.79( 1.54)  9.06( 2.93)
  53 CA/uG  0.00( 0.00)  0.52( 0.00)  5.68( 4.64)  0.00( 0.00)  6.21( 4.64)
  54 AG/Cu  2.42( 0.63)  0.00( 0.00)  0.01( 0.00)  0.00( 0.00)  2.43( 0.63)
  55 GC/AC  2.66( 0.49)  0.59( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.25( 0.49)
  56 CG/CA  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
Выбираем из имеющихся взаимодействий пар оснований ту, перекрывание которой наибольшее, например GU/GC: 
7 GU/GC  5.43( 2.45)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  7.29( 3.77) 12.72( 6.22)
Далее находим данные о таком взаимодействии в файле stacking.pdb, в данном случае Section #0007 GU/GC. Вырезаем эту структуру в отдельный файл: 
ex_str -7 stacking.pdb step7.pdb
Строим изображение: 
stack2img -cdolt step7.pdb step7.ps
Полученное изображение имеет формат .ps. Если воспользоваться командой: 
	pdb2img -rc step7.pdb stdout | render -jpeg > step7.jpg
то сразу получим изображение в формате .jpg
dna
Наверх