Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)

Задание 1. Определение метаболических путей с участием PPOX_HUMAN

Идентификатор гена PPOX_HUMAN в KEGG - hsa:5498. Найдем ген фермена в KEGG.

KEGG ID   Pathway

hsa00860  Porphyrin and chlorophyll metabolism (Метаболизм порфирина и хлорофилла)
hsa01100  Metabolic pathways (Метаболические пути)

Карта hsa00860

Задание 2. Поиск в KEGG структурных формул аденина и гуанина

С главной страницы KEGG пройдем по гиперссылке KEGG2 ("KEGG Table of Contents"), а с открывшейся страницы – по гиперссылке KEGG LIGAND. Проведем поиск каждого из веществ по базе лигандов.

KEGG ID	Название	Name	Структура
C00147	Аденин	Adenine, 6-Aminopurine
C00242	Гуанин	Guanine; 2-Amino-6-hydroxypurine

Задание 3. Поиск метаболического пути от аденина к гуанину

С главной страницы KEGG пройдем по гиперссылке KEGG PATHWAY, а затем по гиперссылке Search&Color Pathway.

В поле запроса введем найденные в предыдущем упражнении идентификаторы соединений. Укажем, что хотим раскрасить первое соединение (аденин) красным, а второе (гуанин) – зеленым:

C00147 red
C00242 green

После ввода запроса на экране появился список карт: выбираем те, после названия которых указано "2", что означает, что в ней присутствуют оба соединения (нажми на картинку для увеличения):

Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: метаболизм пурина
цепочка: аденин → гуанин

Путь от аденина к гуанину через промежуточные соединения AMP (C00020), IMP (C00130), XMP (C00655) и GMP (C00144) - 5 стадий катализа, был отмечен на карте: красным отмечено первое соединение цепочки, синим - промежуточные, зеленым - последнее соединение цепочки.

Задание 4. Сравнение метаболических путей у разных организмов

Определим, возможна ли выбранная в предыдущем упражнении цепочка ферментативных реакций у организмов, перечисленных в таблице ниже.