Functional Role Of A Gene In A Subsystem. GO, SEED, String
Описание гена с Uniprot AC Q00517
Краткая информация о белке
Q00517 - один из генов прокариотической системы секреции.
Поиск по АС в Uniprot позволил определить:
| Название | Организм | Система секреции | KEGG ID |
| Type II secretion system protein J General secretion pathway protein J PilD-dependent protein PddD |
Pseudomonas aeruginosa | II типа (T2SS, бывш. cистема общей секреции, GSP) | pae:PA3098 |
GO термины, связанные с белком и системой секреции II типа
| GO | Название | Онтология | Определение |
| GO:0006810 | Транспорт (transport) | Биологический процесс | Направленное движение веществ в, из, внутри клетки или между клетками через посредников типа транспортеров или пор. |
| GO:0015031 | Транспорт белков (protein transport) | Биологический процесс | Направленное движение белков в, из, внутри клетки или между клетками через посредников типа транспортеров или пор |
| GO:0015628 | Секреция белков в системе секреции II типа (protein secretion by the type II secretion system) | Биологический процесс | Процесс, в ходе которого белки секретируются через внешнюю мембрану грам-отрицательных бактерий через систему секреции II типа. Белки сначала перемещаются через цитоплазматическую мембрану посредством Sec или Tat путей |
| GO:0008565 | Активность белкового транспорта (protein transporter activity) | Молекулярная функция | Способствует белковому транспорту |
| GO:0015627 | Комплекс белковой системы секреции II типа (type II protein secretion system complex) | Клеточный компонент | Большой протеиновый комплекс, содержащий 12-15 субъединиц, который пронзает клеточную оболочку грам-отрицательных бактерий и выступает посредником при движении белков во внеклеточную среду. Комплекс включает в себя цитоплазматический домен, трансмембранный субкомплекс, который достигает периплазмы, и секреционную пору во внешней мембране. Белки сначала перемещаются через цитоплазматическую мембрану посредством Sec или Tat путей. NB! Комплексы T2SS не включает в себя компненты Sec или Tat путей |
Уточнение роли T2SS protein J в системе T2SS
Источники: Статья из PubMed, PDB, PDB ID 3NJE, Pfam
 |
Многие грам-отрицательные бактерии используют T2SS, чтобы ссекретировать факторы вирулентности. Pseudomonas aeruginosa использует свою T2SS для секреции экзотоксина А, фосфолипазы C, эластазы, целочной фосфатазы и др. Эти экзопротеины перемещаются через внутреннюю мембрану посредством Sec или twin-arginine translocation путей, а экпорт через наружную мембрану затем осуществляется через T2SS. Pseudomonas aeruginosa использует 12 транскриптов, XcpAO иd XcpPC–ZM, для формирования T2SS секреционной машины. Пять xcp транскриптов у P. aeruginosa содержат короткие N-концевые сигнальные последовательности, гомологичные субъединицам пилей IV типа и поэтому их часто относят к псевдопилинам. Это XcpTG, XcpUH, XcpVI, XcpWJ b XcpXK (индексы соотносят названия белков в T2SS у P. aeruginosa к белкам из неPseudomonas T2SS; e.g. XcpWJ "J" относится к GspJ). Все пять псевдопилинов необходимы для секреции, хотя точные роли каждого еще изучаются. Слева на картинке изображена структура XcpWJ на разрешении 1.85 Å. Подобную структуру имеют и гомолог XcpWJ в Escherichia coli GspJW. |
Поиск гомологов T2SS protein J (XcpWJ) в геномах других бактерий
С помощью "blastp againts complete genome" в "Searching DNA or Protein Sequences (in a selected organism)" на SEED (FIG) найдем ген XcpWJ. Перейдя по ссылке на него, увидим графическое окно с ортологами из разным геномов:
Отберем 10 ортологов из разных геномов. Параметры: регион ±15000 оснований, порог раскраски 1e-20:
T2SJ во всех случаях аннотирован одинаково и отнесен к нужной системе. Заметно, что система сохраняется достаточно полно, хотя относительное расположение генов может немного меняться. Все указанные гены были отнесены в SEED к правильной системе.
| Номер | Белок | Количество встреч |
| 1 | T2SJ | 10 |
| 2 | T2SF | 10 |
| 3 | T2SE | 10 |
| 4 | T2SK | 10 |
| 5 | T2SG | 10 |
| 6 | T2SL | 9 |
| 7 | T2SD | 9 |
| 8 | T2SC | 7 |
| 9, 15 | T2SI | 7 |
| 10, 16 | T2SM | 7 |
| 13 | T2SH | 10 |
По выдаче SEED видно, что гены под номерами 4, 5, 9(15), 13 находятся ближе всего к 1. Из схемы T2SS выше видно, что все эти белки располагаются в непосредственной близости, а из статьи (выше) мы знаем, что 1, 4, 5, 9(15), 13 являются сходными (псевдопилины).
Наверх