Занятие 2. Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

C помощью SRS я получила информацию, необходимую для заполнения следующей таблицы.

Идентификатор записиEMBL	ID	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Длина последовательности	Дата создания документа	Описание
EMBL:AP009048	AP009048	genomic DNA	STD	PRO	4646332	22-JAN-2006	Escherichia coli W3110 DNA, complete genome.
EMBL:U00096	U00096	genomic DNA	STD	PRO	4639675	23-FEB-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
EMBL:U14003	U14003	genomic DNA	STD	PRO	338534	30-NOV-1994	Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.
EMBL:X00742	X00742	genomic DNA	STD	PRO	358	07-NOV-1985	E. coli deoA-deoB intercistronic region with internal regulated promoter (deoP3)
EMBL:X03224	X03224	genomic DNA	STD	PRO	1718	28-JAN-1986	Escherichia coli deoC gene for 2-deoxyribose 5-phosphate aldolase and deoA gene 5' region

С увеличением даты создания повышается и длина последовательности, причем разница между 85 и 86 годами- в 5 раз, а между 86 и 94- в 500 раз.2 из 5 последовательностей- полные геномы.

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

На основании результатов упр.1 я выбрала 2 записи для дальнейшего изучения (специально не брала полные геномы). Получила эти записи EMBL и убедилась, что в этих документах действительно содержатся описания последовательности, кодирующей мой белок. Изучила документы и заполнила таблицу:

Последовательности, кодирующие белок 2tpt в двух записях банка EMBL

	I	II
ID записи	x00742	x03224
Начало гена в записи	1	1665
Конец гена в записи	195	1718
Направление гена	прямое	прямое
Примечания*

Эти записи 1985 и 1986 годов, процент идентичности оказался 14.9%,поэтому я решила взять "более" новые данные.

	I	II
ID записи	AP009048	U00096
Начало гена в записи	4622909	4616252
Конец гена в записи	4624231	4617574
Направление гена	прямое	прямое
Примечания*

В этом случае последовательности, кодирующие мой белок в разных записях идентичны на 100%. Выравнивание:

AP009048           1 ttgtttctcgcacaagaaattattcgtaaaaaacgtgatggtcatgcgct     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096             1 ttgtttctcgcacaagaaattattcgtaaaaaacgtgatggtcatgcgct     50

AP009048          51 gagcgatgaagaaattcgtttctttatcaacggtattcgcgacaacacta    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096            51 gagcgatgaagaaattcgtttctttatcaacggtattcgcgacaacacta    100

AP009048         101 tctccgaagggcagattgccgccctcgcgatgaccattttcttccacgat    150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           101 tctccgaagggcagattgccgccctcgcgatgaccattttcttccacgat    150

AP009048         151 atgacaatgcctgagcgtgtctcgctgaccatggcgatgcgagattcagg    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           151 atgacaatgcctgagcgtgtctcgctgaccatggcgatgcgagattcagg    200

AP009048         201 aaccgttctcgactggaaaagcctgcatctgaatggcccgattgttgata    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           201 aaccgttctcgactggaaaagcctgcatctgaatggcccgattgttgata    250

AP009048         251 aacactccaccggtggcgtcggcgatgtgacttcgctgatgttggggccg    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           251 aacactccaccggtggcgtcggcgatgtgacttcgctgatgttggggccg    300

AP009048         301 atggtcgcagcctgcggcggctatattccgatgatctctggtcgcggcct    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           301 atggtcgcagcctgcggcggctatattccgatgatctctggtcgcggcct    350

AP009048         351 cggtcatactggcggtacgctcgacaaactggaatccatccctggcttcg    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           351 cggtcatactggcggtacgctcgacaaactggaatccatccctggcttcg    400

AP009048         401 acattttcccggatgacaaccgtttccgcgaaattattaaagacgtcggc    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           401 acattttcccggatgacaaccgtttccgcgaaattattaaagacgtcggc    450

AP009048         451 gtggcgattatcggtcagaccagttcactggctccggctgataaacgttt    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           451 gtggcgattatcggtcagaccagttcactggctccggctgataaacgttt    500

AP009048         501 ctacgcgacccgtgatattaccgcaaccgtggactccatcccgctgatca    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           501 ctacgcgacccgtgatattaccgcaaccgtggactccatcccgctgatca    550

AP009048         551 ccgcctctattctggcgaagaaacttgcggaaggtctggacgcgctggtg    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           551 ccgcctctattctggcgaagaaacttgcggaaggtctggacgcgctggtg    600

AP009048         601 atggacgtgaaagtgggtagcggcgcgtttatgccgacctacgaactctc    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           601 atggacgtgaaagtgggtagcggcgcgtttatgccgacctacgaactctc    650

AP009048         651 tgaagcccttgccgaagcgattgttggcgtggctaacggcgctggcgtgc    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           651 tgaagcccttgccgaagcgattgttggcgtggctaacggcgctggcgtgc    700

AP009048         701 gcaccaccgcgctgctcaccgacatgaatcaggtactggcctccagtgca    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           701 gcaccaccgcgctgctcaccgacatgaatcaggtactggcctccagtgca    750

AP009048         751 ggtaacgcggttgaagttcgtgaagcggtgcagttcctgacgggtgaata    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           751 ggtaacgcggttgaagttcgtgaagcggtgcagttcctgacgggtgaata    800

AP009048         801 tcgtaacccgcgtctgtttgatgtcacgatggcgctgtgcgtggagatgc    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           801 tcgtaacccgcgtctgtttgatgtcacgatggcgctgtgcgtggagatgc    850

AP009048         851 tgatctccggcaaactggcgaaagatgacgccgaagcgcgcgcgaaattg    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           851 tgatctccggcaaactggcgaaagatgacgccgaagcgcgcgcgaaattg    900

AP009048         901 caggcggtgctggacaacggtaaagcggcagaagtctttggtcgtatggt    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           901 caggcggtgctggacaacggtaaagcggcagaagtctttggtcgtatggt    950

AP009048         951 agcggcacaaaaaggcccgaccgacttcgttgagaactacgcgaagtatc   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           951 agcggcacaaaaaggcccgaccgacttcgttgagaactacgcgaagtatc   1000

AP009048        1001 tgccgacagcgatgctgacgaaagcagtctatgctgataccgaaggtttt   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1001 tgccgacagcgatgctgacgaaagcagtctatgctgataccgaaggtttt   1050

AP009048        1051 gtcagtgaaatggatacccgcgcgctggggatggcagtggttgcaatggg   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1051 gtcagtgaaatggatacccgcgcgctggggatggcagtggttgcaatggg   1100

AP009048        1101 cggcggacgccgtcaggcatctgacaccatcgattacagcgtcggcttta   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1101 cggcggacgccgtcaggcatctgacaccatcgattacagcgtcggcttta   1150

AP009048        1151 ctgatatggcgcgtctgggcgaccaggtagacggtcagcgtccgctggcg   1200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1151 ctgatatggcgcgtctgggcgaccaggtagacggtcagcgtccgctggcg   1200

AP009048        1201 gttatccacgcgaaagacgaaaacaactggcaggaagcggcgaaagcggt   1250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1201 gttatccacgcgaaagacgaaaacaactggcaggaagcggcgaaagcggt   1250

AP009048        1251 gaaagcggcaattaaacttgccgataaagcaccggaaagcacaccaactg   1300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1251 gaaagcggcaattaaacttgccgataaagcaccggaaagcacaccaactg   1300

AP009048        1301 tctatcgccgtatcagcgaataa   1323
                     |||||||||||||||||||||||
U00096          1301 tctatcgccgtatcagcgaataa   1323

3.Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Схематичное изображение структуры транслируемых участков предложенного мне гена(AE006462,/gene="HBA1") , цепь прямая
```
--[166716..166810]--...--[167282..167410]--->
```
Общее число экзонов в гене- 3
* Длина самого длинного и самого короткого интрона.
*Определите Длина самого длинного и самого короткого экзона.

На предыдущую.