| Поиск гомологов TYPH_ECOLI | Геном Salmonella typhimurium | |
| Число находок с Е-value<0,001 | 1 | |
| Характеристика лучшей находки: | ||
| E-value находки | 0.0 | |
| AC соответствующей записи EMBL | AE008915 | |
| координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL | 99-1418 | |
| Координаты CDS в записи EMBL (если они есть) | 99..1421 | |
| AC UniProt в записи EMBL (если есть) | Q7CP66 | |
| Изменение e-value при поиске в 3-х геномах | 0.0 | |
| Общее число находок при поиске в 3-хгеномах | 1 | |
Можно сделать вывод,что найден гомолог и он лучший, так как он найден с хорошим e-value не только по одному геному, но по трем геномам. Я сопоставила координаты одной единственной находки с координатими CDS генов, которые включают в себя данные выравнивания. Видно, что координаты практически совпадают с координатами CDS гена. Как видно из описания данного белка deoA , он выполняет похожую с белком TYPH функцию(thymidine phosphorylase ). Так что можно говорить о гомологичности этих двух белков.
Наилучшее E-value это по прежнему 0.0. Само выравнивание:
>AE008915 AE006468 |AE008915| Salmonella typhimurium LT2, section 219
of 220 of the complete genome.
Length = 21405
Score = 1106 bits (558), Expect = 0.0
Identities = 1110/1294 (85%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 tgtttctcgcacaagaaattattcgtaaaaaacgtgatggtcatgcgctgagcgatgaag 61
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||
Sbjct: 100 tgtttctcgcacaagaaattattcgtaaaaagcgtgatggtcatgcgttgagtgacgaag 159
Query: 62 aaattcgtttctttatcaacggtattcgcgacaacactatctccgaagggcagattgccg 121
|||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 160 aaattcgtttctttattaatggtattcgtgacaatactatctctgaagggcagattgccg 219
Query: 122 ccctcgcgatgaccattttcttccacgatatgacaatgcctgagcgtgtctcgctgacca 181
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct: 220 ccctggcgatgaccatcttcttccacgatatgaccatgccggagcgtgtttcgctgacca 279
Query: 182 tggcgatgcgagattcaggaaccgttctcgactggaaaagcctgcatctgaatggcccga 241
|||||||||| ||||| || || || || ||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct: 280 tggcgatgcgggattccggtactgtccttgactggaaaagcctgaatctcaatggcccga 339
Query: 242 ttgttgataaacactccaccggtggcgtcggcgatgtgacttcgctgatgttggggccga 301
|||| ||||| || || ||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||||| |
Sbjct: 340 ttgtcgataagcattcgaccggcggcgtaggggacgtgacgtctctgatgttggggccaa 399
Query: 302 tggtcgcagcctgcggcggctatattccgatgatctctggtcgcggcctcggtcatactg 361
|||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct: 400 tggtagcggcctgcggcggttatgtgccgatgatctccggtcgcggcctcggacataccg 459
Query: 362 gcggtacgctcgacaaactggaatccatccctggcttcgacattttcccggatgacaacc 421
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct: 460 gcggtacgctcgacaaactggaagcgatcccgggcttcgatatcttcccggacgacaacc 519
Query: 422 gtttccgcgaaattattaaagacgtcggcgtggcgattatcggtcagaccagttcactgg 481
||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| || || ||||| || || |
Sbjct: 520 gtttccgcgaaattattcaagacgtgggtgtggcgattattgggcaaaccagctcgcttg 579
Query: 482 ctccggctgataaacgtttctacgcgacccgtgatattaccgcaaccgtggactccatcc 541
| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || |
Sbjct: 580 caccggcggacaaacgtttttacgccacccgcgatattaccgcgacggtggactctattc 639
Query: 542 cgctgatcaccgcctctattctggcgaagaaacttgcggaaggtctggacgcgctggtga 601
|||||||||||| ||| || || || |||||||| || ||||| || || |||||||| |
Sbjct: 640 cgctgatcaccggctccatcctcgccaagaaactggccgaagggcttgatgcgctggtaa 699
Query: 602 tggacgtgaaagtgggtagcggcgcgtttatgccgacctacgaactctctgaagcccttg 661
||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct: 700 tggacgtaaaagtcggcagcggcgcgtttatgccaacctatgaactttctgaagcccttg 759
Query: 662 ccgaagcgattgttggcgtggctaacggcgctggcgtgcgcaccaccgcgctgctcaccg 721
| ||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| || ||| || | ||||
Sbjct: 760 ctgaagcgattgtcggcgtggcaaatggcgcgggagttcgcactacggcgttgttaaccg 819
Query: 722 acatgaatcaggtactggcctccagtgcaggtaacgcggttgaagttcgtgaagcggtgc 781
| ||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct: 820 atatgaaccaggtgctggcttcaagcgccggtaacgcggtggaagtgcgtgaagccgtgc 879
Query: 782 agttcctgacgggtgaatatcgtaacccgcgtctgtttgatgtcacgatggcgctgtgcg 841
|||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct: 880 agttcctgaccggtgaataccgcaatccgcgcttgtttgacgtcactatggcgctatgcg 939
Query: 842 tggagatgctgatctccggcaaactggcgaaagatgacgccgaagcgcgcgcgaaattgc 901
|||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||
Sbjct: 940 tggagatgctgatctccggccagctggcgaaagacgacgccgaagcgcgtgccaaactgc 999
Query: 902 aggcggtgctggacaacggtaaagcggcagaagtctttggtcgtatggtagcggcacaaa 961
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |
Sbjct: 1000 aggcggtgctggataacggtaaagcggcagaagtctttggtcgtatggtggccgcgcaga 1059
Query: 962 aaggcccgaccgacttcgttgagaactacgcgaagtatctgccgacagcgatgctgacga 1021
|||| || | ||| |||||||||||||||| || || ||||||| || ||| ||| |
Sbjct: 1060 aagggccaagcgatttcgttgagaactacgataaatacttgccgaccgccatgttgagca 1119
Query: 1022 aagcagtctatgctgataccgaaggttttgtcagtgaaatggatacccgcgcgctgggga 1081
|||| || ||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||| || ||||||||||
Sbjct: 1120 aagcggtatatgctgataccgaagggtttatcagcgcaatggatacgcgtgcgctgggga 1179
Query: 1082 tggcagtggttgcaatgggcggcggacgccgtcaggcatctgacaccatcgattacagcg 1141
|||| || || | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct: 1180 tggcggtcgtctcgatgggcggcggccgtcgtcaggcgtctgacaccattgattacagcg 1239
Query: 1142 tcggctttactgatatggcgcgtctgggcgaccaggtagacggtcagcgtccgctggcgg 1201
| |||||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct: 1240 ttggctttaccgacatggcccgtctgggcgacagcatcgacgggcagcgcccgctggcgg 1299
Query: 1202 ttatccacgcgaaagacgaaaacaactggcaggaagcggcgaaagcggtgaaagcggcaa 1261
| || || || ||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct: 1300 tgattcatgccaaagacgaagccagttggcaggaagcggcgaaggccgtcaaagcggcaa 1359
Query: 1262 ttaaacttgccgataaagcaccggaaagcacacc 1295
||| |||| ||||||||| || | |||||||||
Sbjct: 1360 ttatccttgacgataaagcgccagcaagcacacc 1393
Обе программки (tblastn и blastn) в моем случае получили почти одинаковый результат-
т.е. и e-value одинаковое, и кусочки найденного(только в первом случае- это аминокис-ая
последовательность, во втором- нуклеотидная).Но во втором случае в выравнивании
укоротилась последовательность(не 1320 [440*3], а 1294). Identity различается: в
первом случае 89%, во втором- 85%.