Занятие 4. Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

  • 1.Определение тРНК которая была (скорее всего) использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи моего белка.

    • Таблица 1. Выбор тРНК

     Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка TYPH_ECOLI A
     Соответствующий кодон в гене Typh 5'-GCA-3'
     Идеальный антикодон 5'-UGC-3'
     Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка A
    (если опираться на генетический код)?    		 4
     Сколько тРНК для остатка A аннотировано в геноме кишечной палочки? 5
     Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
     название гена alaT
     координаты гена в записи EMBL 4035283..4035358
     антикодон UGC
    Использовалась команда: grep 'anticodon.*Ala' ecoli.embl > anticod.txt вот что получила в выходном файле: 
    FT                   /anticodon=(pos:225533..225535,aa:Ala)
FT                   /anticodon=(pos:2516103..2516105,aa:Ala)
FT                   /anticodon=(pos:2516218..2516220,aa:Ala)
FT                   /anticodon=(pos:3425020..3425022,aa:Ala)
FT                   /anticodon=(pos:4035316..4035318,aa:Ala)
    Для вырезания т-РНК использовалась команда: seqret ecoli.embl -sask

  • Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии

    • Таблица 2. Поиск в геноме Sulfolobus solfataricus последовательностей, сходных с аланиновой тРНК E.coli

    Программа FastA BLASTN MegaBLAST Discontigous
    MegaBLAST
    Число находок с Е-value < 0,001 2 0 0 0
    Характеристика лучшей находки:
      E-value находки 2.1е-0.5 0.59 0.59 -
      Номер сектора генома 21 126 126 -
      AC соответствующей записи EMBL AE006662 AE006767 AE006767 -
      координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL 2618-2691 9295-9308 9295-9308  
    Аннотация лучшей находки по EMBL
    		 tRNA-Ala Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase [precursor] Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase [precursor] - 
    Использовала команды:
для Fasta35
 fasta35 trnk.fasta ss_genome.fasta 6
для Blastn
 blastall -p blastn -d ss -i trnk.fasta -o sstrnk.blastn
для Megablast
 megablast -d ss -i trnk.fasta -o mega14.blast -W 14
discontiguous MegaBLAST не нашел ни одной последовательности ни при какой возможной комбинации параметров.
вариант запроса
 megablast -d ss -i trnk.fasta -o dmega2.blast -W 11 -t 21 -N 2

    Вывод

    Из полученных результатов можно заключить, что программы BLASTN, MegaBLAST и discontiguous MegaBLAST не подошли для поиска гомологов, так как первые две программы не выдали находки с Е-value < 0,001, в третьем же случае ни при каких параметрах результата не было. Скорее всего, данные программы предназначены не для поиска гомологичных последовательностей. Программа FastA, наоборот, справилась с задачей,скорее всего т.к. она использует алгоритм с матрицами весов замен. Также на результате сказалась и длина слова: чем меньше слово, тем больше находок с большим Е-value

    BLASTN :11

    MegaBLAST:14

    FAST(A):6

    Назад.