Занятие 9.Комплексы ДНК-белок

 
     

    1.Исследование белок-нуклеиновых контактов

      Для получения данных использовался скрипт P:\y05\Term3\dna.def, определяющий три нужных множества: 
base - все атомы оснований ДНК (эквивалентно "dna and not backbone"); 
mjg - атомы оснований ДНК, обращённые в большую бороздку; 
mig - атомы оснований ДНК, обращённые в малую бороздку.
      Полярные Гидрофобные Всего
    Контакты белка с ...      
    ... остатками 2'-дезоксирибозы 9 43 52
    ... остатками фосфорной кислоты 20 27 47
    ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 4 13 17
    ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 3 3 6

    Команды:

    select within(3.5, *.O?') and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(4.5, *.C?') and protein and carbon
select within(3.5, *.O?P) and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(4.5, *.P) and protein and carbon
select within(3.5, (oxygen,nitrogen) and mjg and base) and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(4.5, carbon and mjg and base) and protein and carbon
select within(3.5, (oxygen,nitrogen) and mig and base) and protein and (oxygen or nitrogen)
select within(4.5, carbon and mig and base) and protein and carbon

    Из таблицы видно, что большинство контактов белка с остатками 2'-дезоксирибозы и остатками фосфорной кислоты, которые отвечают за поддержание структуры ДНК. Также есть небольшое количество контактов с остатками азотистых оснований со стороны большой и малой бороздками, которые возможно отвечают за узнавание ДНК белком.

    длинна большой бороздки у В-формы ДНК больше длины малой. По шагу спирали и ширине малой бороздки мой

    2. Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК.


    На рисунке показан контакт аргинина 125 с гуанином 16(рядом комплементарный цитозин).

    3. Описание функций исследованного белка.

    Белок P07199

    FUNCTION: Взаимодействует с центромерным гетерохроматином в хромосомах и связывается в специфические сопутствующие подгруппы альфоидных ДНК , называемые CENP-B box. Может образовывать упорядоченный массив центромерных сопутствующих ДНК внутри более упорядоченных структур, которые потом направляют центромерную структуру и кинетохорный набор в хромосомы млекопитающих.
    SUBUNIT: гомодимер. Находится в ядре
    SIMILARITY: содержит 1 HTH CENPB-type DNA-binding domain.
    SIMILARITY: содержит 1 HTH psq-type DNA-binding domain. Аминокислотный остаток, который я выбрала, принадлежит домену CENP-B_N

    P07199 представляет из себя CENP-B N-terminal DNA-binding domain, т.е. то, что и требовалось и из него не надо ничего вырезать.

    С помощью Pfam я нашла: Centromere binding protein B, DNA binding Белки этого семейства образуют общую структуру спираль-поворот-спираль с ядром из 3-х альфа спиралей, формирующих спиральный узел. Они связываются с соответствующей CENP-B box, особой подгруппой альфоидных сопутствующих ДНК . Судя по выравниванию(представлено в конце отчета), полученному с помощью Pfam , мой аминокислотный остаток не является консервативным, хотя он повторяется довольно часто

    4. Построение схемы контактов белка с ДНК

    Программа nuclplot :
    nucplot 1HLV.pdb

    Эти данные не совсем совпадают с таблицей. И выбранного мной остатка Arg125 тут нет.

    Назад.