Задание 1.Оценить давление отбора на ген заданного белка (работа с веб-сервером PAL2NAL)

1. С помощью программы Blast я нашла гомолога моего белка Vibrio cholerae (strain ATCC 39541 / O395) с AC A5F5S5 c длиной 475, identity 71% и e-value 1 e-174.

Текстовые файлы с последовательностями моего белка и его гена.

Текстовые файлы с последовательностями гипотетического ортолога и его гена.

2. С помощью команды needle сделала попарные белковое и нуклеотидное выравнивания.

Первое (нуклеотидное и белковое)- с параметрами

gapopen 10
gapextend 0.5
     

Второе(нуклеотидное и белковое)

gapopen 20
gapextend 2
     

Но ни в том,ни в другом случае они не совпали. Во втором нуклеотидном выравнивании стало меньше гэпов. Увеличение штрафа за открытие гэпа ведет за собой уменьшение количества гэпов, что делает более похожими выравнивания аминокислотных и нуклеотидных последовательностей.

3. PAL2NAL это праграмма, которая конвертирует множественные белковые выравнивания и соответствующие ДНК (или мРНК) последовательности в выравнивание кодонов. Программа автоматически определяет соответствующий кодон в выравнивании, даже если вводимая ДНК последовательность не полностью соответствует белковому выравниванию, или содержит нетранслируемую область (UTR-untranslated region), поли-Адениновый хвост. Программа также может перемещать рамки считывания во вводимой последовательности, что удобно для анализа псевдогенов. Итоговое кодоновое выравнивание может дальше обрабатываться, путем подсчета синонимичных и несинонимичных замен.

4. Я с помощью PAL2NAL получила выравнивание сравниваемых генов с разбивкой на кодоны

5. С помощью PAL2NAL получила значения Ka/Ks для сравниваемых генов

В меню "Option settings" пришлось поменять "Remove gaps, inframe stop codons" на "Yes" и "Calculate KS and KA" на " Yes (valid only if the input is a pair of sequences) ".

Поскольку KA/KS = 0.0892, можно сделать вывод,что идет стабилизирующий отбор.