Зачетная работа
Выполнение заданий
Получили заданный фрагмент генома Yersinia mollaretii длины 7000 нуклеотидов из
записи EMBL AALD01000001 с помощью команды:
seqret embl:AALD01000001 -sask. Указали начало фрагмента - 147001, а конец - 154000.
Полный протеом E. coli получили командой:
seqret sw:*_Ecoli.
Сохранили в файле.
Создали индексные файлы для поиска программами пакета BLAST, используя команду:
formatdb -i 3mg1.fasta -p T -n 123.
Извлекили из полученного файла aa.fasta трансляции всех открытых рамок считывания длиной
не менее 240 нуклеотидов. Использовали стандартный для бактерий (bacterial) генетический код, открытой
рамкой считали последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном.
getorf -sequence aa.fasta -table 11 -minsize 240 -find 1 -o aa1.orf.
Итого получили всего 14 открытых рамок.
В полученом документе находится информация об открытых рамках считываения.
Для поиска сходных последовательностей у E. coli использовали программу blastp, так как нужно было найти гомологов
белковой последвательности по банку белковых последовательностей у E.Coli. Использовали команду:
blastall -p blastp -d 123 -i aa1.orf -e 0.001 -m 9 -o aa1.out.
Чтобы извлечь данные о числе сходных последовательностей для каждой открытой рамки считывания ,
создали скрипт a.scr.
Резульат работы скрипта представлен в файле a2.txt.
В таблице приведена информация для тех рамок считывания, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность:
Схематическое изображение положения на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в E. coli.
| Name |
Start |
End |
Direction |
Number of founds |
ID Ecoli |
E-value |
| AALD01000001_5 |
5764 |
6885 |
прямая |
2 |
YCJY_ECOLI |
1,00E-42 |
| AALD01000001_6 |
5503 |
4814 |
обратнная |
26 |
CUSR_ECOLI |
2,00E-59 |
| AALD01000001_7 |
4814 |
4074 |
обратнная |
3 |
BAES_ECOLI |
4,00E-07 |
| AALD01000001_8 |
4234 |
3401 |
обратнная |
19 |
CUSS_ECOLI |
2,00E-34 |
| AALD01000001_14 |
1027 |
161 |
обратнная |
8 |
DKGA_ECOLI |
4,00E-54 |
Гипотетические гены во фрагменте 147001-154000 записи AALD01000001
5'----------------------------------------------------------------------------------[5764-6885,ycjY,=>]----3'
3'-[161-1027,dkgA,<=]---[3401-4234,cusS,<=[4074-4814,baeS,<=]][4814-5503,cusR,<=]--------------------------5'
Гены, гомологичные им в геноме кишечной палочки (фрагмент 500000-3200000):
5'---------------------------------------------------------------------------------------[2160900-2162303,baeS,=>]------[3154645-3155472,dkgA,=>]--3'
3'---[592551-593993,cusS,<=[593983-594666,cusR,<=]]--------[1388957-1389877,ycjY,<=]---------------------------------------------------------------5'
Порядок следования генов и расстояние между ними сохраняются только между генами baeS и dkgA и их предсказанными гомологами.
И хотя между продуктами этих генов BAES_ECOLI (Signal transduction histidine-protein kinase baeS) и DKGA_ECOLI (2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A)
нет очевидной связи, можно предположить что гены этих белков экспрессируются совместно, или же их экспрессия как-то совместно регулируется
(например продукт одного гена подавляет экспрессию другого). Влюбом случае, наверняка можно только сказать, что близкое расположение
этих генов - консервативный признак (по крайней мере для E.coli и Y.mollaretii)