| Обозначение | Oписание | Kоличество |
| ANN | Constructed sequence with annotation | 0 |
| CON | Constructed sequence | 0 |
| EST | Expressed Sequence Tag | 59604001 |
| GRV | Genome Reviews | 0 |
| GSS | Genome Survey Sequence | 24670960 |
| HTC | High Throughput cDNA sequencing | 531582 |
| HTG | High Throughput Genome sequencing | 139369 |
| MGA | Mass Genome Annotation | 0 |
| PAT | Patent | 7324419 |
| SET | Project set (EMBL WGS Masters only) | 0 |
| STD | Standard | 6263421 |
| STS | Sequence Tagged Site | 1305218 |
| TPA | Third Party Annotation | 6119 |
| TSA | Transcriptome Shotgun Assembly | 3481 |
| WGS | Whole Genome Shotgun | 0 |
| Обозначение | Oписание | Описание | Кол-во |
| ENV | Environmental Samples | Образцы окружающей среды | 3735223 |
| FUN | Fungi | Грибы | 3231825 |
| HUM | Human | Человек | 11807708 |
| INV | Invertebrates | Беспозвоночные | 14294051 |
| MAM | Other Mammals | Другие млекопитающие | 8686059 |
| MUS | Mus musculus | Геном мыши | 7330487 |
| PHG | Bacteriophage | Бактериофаг | 4896 |
| PLN | Plants | Растения | 28334269 |
| PRO | Prokaryotes | Прокариоты | 675972 |
| ROD | Rodents | Грызуны | 1804253 |
| SYN | Synthetic | Синтезированный | 1500620 |
| TGN | Transgenic | Трансгенный | 265445 |
| UNC | Unclassified | Не относящийся ни к кому | 2956530 |
| VRL | Viruses | Вирусы | 624900 |
| VRT | Other Vertebrates | Другие позвоночные | 9288565 |
| Форма записи - reverse |
| Кодирующих участков 6 |
| Длина первого и последнего кодирующего участка: (274102..274192) 91, (277125..277196) 72. |
| Длины первого и последнего интронов: (274192,274520) 329, (276160,277125) 964. |
|
Самый длинный экзон, вырезанный с помощью программы seqret ba000025.fasta. |
| Для поиска последовательности белка, соответствующего экзону необходимо: |
| 1) Зайти на сайт Blast. |
| 2) Выбрать программу blastx |
| 3) Загрузить полученный выше файл в поле upload file |
| 4) Выбрать Базу данных SwissProt |
| 5) Нажать кнопку Blast |
| В заметках к гену указан продукт бета-субъединица казеин-киназы (Casein kinase II beta subunit) и его идентефикатор UniProtKB/Swiss-Prot:P67870 . При поиске по первому, самому длинному экзону по базе данных SWISS-PROT, никаких адекватных результатов нет (всего три находки с E-Value больше 4). Если искать по Refseq_protein, находится белок PREDICTED: similar to casein kinase 2, beta subunit [Canis familiaris]. Видимо, соответствующий этому экзону участок белка подвергается сильной модификации или вообще отрезается и в "рабочей" версии белки он не находится. Если взять второй экзон (предпоследний 274520..274709) и вырезать его ba.fasta, топервая же находка соответствует серии казеиновых киназ (именно II и бета-субъединицы ) из разных организмов. Хотя CSK2B_DANRE - лошадь в списке первая, кроме нее в списке есть и крыса, и кролик, и , собственно, человек. |
| Идентификатор записи EMBL | Тип молекулы | Класс данных | Раздел EMBL | Дата создания документа |
Описание | Длина последовательности |
| M18393 | genomic DNA | STD | PRO | 16-JUL-1988 | E.coli glp-kappa gene encoding glycerol kinase, complete cds. | 2028 |
| M55990; | genomic DNA | STD | PRO | 21-JUL-1991 | E.coli glycerol diffusion facilitator (glpF) and glycerol kinase (glpK) genes, complete cds. | 1504 |
| L19201 | genomic DNA | STD | PRO | 31-AUG-1993 | E. coli chromosomal region from 87.2 to 89.2 minutes.. | 96484 |
| U00096; | genomic DNA | STD | PRO | 23-FEB-2006 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome. | 4639675 |
| AP009048 | genomic DNA | STD | PRO | 22-JAN-2006 | Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome. | 4646332 |