Классификация функций. Коды ферментов.

Описание функции фермента по его коду (EC)

Выданный код фермента - EC 6.2.1.5. В таблице ниже приведена его расшифровка.

Код Английское название Русское название
EC 6 Ligases Лигазы
EC 6.2 Forming Carbon-Sulfur Bonds Образующие углерод-серные связи
EC 6.2.1 Acid-Thiol Ligases Кислотно-тиоловые лигазы
EC 6.2.1.5 Succinate-CoA ligase (ADP-forming) Сукцинил-КоА лигаза (образующая АДФ)

Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом EC

  • Число ферментов с кодом EC 6.2.1.5, обнаруженных с помощью SRS в 3 исследуемых организмах:
  • В прокариотах найденные пары белков отвечают двум типам субъединиц фермента - альфа и бета; человеческий белок описан как бета-субъединица. Во всех 5 белках обнаружен домен Ligase_CoA (PF00549). Для выравнивания и последующего описания в таблице были взяты последовательности бета-субъединиц.

    • P0A836 (E. coli) Q57663 (M. jannaschii) Q9P2R7 (H. sapiens)
    Идентификатор, название домена Pfam Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности
    Домен 1 ATP-grasp_2 (PF08442) 2 - 203 2 - 193 54 - 262
    Домен 2 Ligase_CoA (PF00549) 246-382 228 - 361 305 - 441

    Выравнивание последовательностей трех белков, описанных в таблице выше, показало, что белки достаточно консервативны по всей длине, если не считать N-концевой области из 52 а.о. у человеческого белка, которой нет у двух других. Выравнивание приведено на рисунке ниже.