Онтология GO (название словаря) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
---|---|---|---|
Где? | C (component) | 3 | цитоплазматическая везикула, эндосомная мембранна, аппарат Гольджи |
Зачем, для чего? | P (prosecc) | 1 | аминокислотное фосфолирирование белка |
Молекулярный механизм? | F (function) | 1 | АТФ-связывание |
Специфичность? | F (function) | 1 | активация белковых киназ |
Количество записей | Запрос | |
Всего из данного организма | 2450 | (([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*])) |
С идентификаторами всех трёх онтологий GO | 1088 | ((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) |
В том числе в клеточных соединениях | 46 | (((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*]) |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) | 3 | ((((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*]) & (([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:EXP:*]) | [swissprot-DBxref_:TAS:*])) |
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) | 0 | ((((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((((((((((((((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*]) & ([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:EXP:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*])) ! [swissprot-DBxref_:IEA:*]) ! [swissprot-DBxref_:IEP:*]) ! [swissprot-DBxref_:IGI:*]) ! [swissprot-DBxref_:NAS:*]) ! [swissprot-DBxref_:ND:*]) ! [swissprot-DBxref_:RCA:*]) ! [swissprot-DBxref_:IMP:*]) ! [swissprot-DBxref_:IPI:*]) ! [swissprot-DBxref_:ISS:*]) ! [swissprot-DBxref_:NR:*]) ! [swissprot-DBxref_:IGC:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*]) |
Видно, что функции исследуемой группы аннотированы в базе не лучшим образом - все три онтологии указаны лишь в 44,4% записей для данного организма. Кроме того, только половина записей белков клеточных соединений имеют хотя бы одно хорошее доказательство функций, причём среди них нет ни одного такой записи, который содержал бы хорошие доказательства и только.