Функции генов и их продуктов. Онтологии базы данных GO

  • Поиск нужного термина в словарях GO

    • Результаты поиска на главном сайте консорциума GO:



  • Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

    • Получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека SCYL2_HUMAN. В поле DR найдите и проанализируйте строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным опишите функцию заданного белка в таблице следующего вида:

      Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где? C (component) 3 цитоплазматическая везикула, эндосомная мембранна, аппарат Гольджи
    Зачем, для чего? P (prosecc) 1 аминокислотное фосфолирирование белка
    Молекулярный механизм? F (function) 1 АТФ-связывание
    Специфичность? F (function) 1 активация белковых киназ

    Те же данные доступны по адресу http://br.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?Q6P3W7.


  • Создание больших выборок белков с определенными функциями
    (поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

    • Протеом Rattus norvegicus - результаты поиска в UniProt, 28.03.2009

      Количество записей Запрос
    Всего из данного организма 2450 (([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]))
    С идентификаторами всех трёх онтологий GO 1088 ((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*]))
    В том числе в клеточных соединениях 46 (((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*])
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) 3 ((((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*]) & (([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:EXP:*]) | [swissprot-DBxref_:TAS:*]))
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) 0 ((((([swissprot-Species:Danio*] & [swissprot-Species:rerio*]) | [swissprot-Species:Danio rerio*]) & ((((((((((((((([swissprot-DBxref_:GO:*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*]) & ([swissprot-DBxref_:IDA:*] | [swissprot-DBxref_:EXP:*] | [swissprot-DBxref_:TAS:*])) ! [swissprot-DBxref_:IEA:*]) ! [swissprot-DBxref_:IEP:*]) ! [swissprot-DBxref_:IGI:*]) ! [swissprot-DBxref_:NAS:*]) ! [swissprot-DBxref_:ND:*]) ! [swissprot-DBxref_:RCA:*]) ! [swissprot-DBxref_:IMP:*]) ! [swissprot-DBxref_:IPI:*]) ! [swissprot-DBxref_:ISS:*]) ! [swissprot-DBxref_:NR:*]) ! [swissprot-DBxref_:IGC:*])) & [swissprot-DBxref_:GO:0005789*])

    Видно, что функции исследуемой группы аннотированы в базе не лучшим образом - все три онтологии указаны лишь в 44,4% записей для данного организма. Кроме того, только половина записей белков клеточных соединений имеют хотя бы одно хорошее доказательство функций, причём среди них нет ни одного такой записи, который содержал бы хорошие доказательства и только.



    Функции генов и их продуктов