Метаболические пути. Ресурс KEGG.

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG

Искомый субстрат - пируват, продукт - валин.

Русское название Английское название Идентификатор Формула
Пируват Pyruvate C00022
L-валин L-Valine С00183

Поиск метаболического пути

  • Для раскрашивания субстрата, продукта и участвующих ферментов на общей карте путей использовался следующий запрос:

    K01803
    C00022 red
    C00183 green
    1.2.4.1 yellow
    2.2.1.6 yellow
    1.1.1.86 yellow
    4.2.1.9 yellow
    2.6.1.66 yellow
    2.6.1.42 yellow
    1.4.1.9 yellow

  • Путь был обнаружен на метаболической карте, которая называется "Биосинтез валина, лейцина и изолейцина" ("Valine, Leucine and Isoleucine Biosynthesis").

  • Изображение фрагмента этой карты приведено на рисунке ниже. Красным отмечен субстрат (пируват), зеленым - продукт (L-валин), а желтым ферменты, участвующие в превращении субстрата в продукт.

    • Описание последовательности реакций

    В выбранной цепочке превращений 6 реакций. Описание первых трех ее этапов приведено в таблице 1.

    Таблица 1. Три первых этапа возможного пути превращения пирувата в L-валин по данным метаболической карты "Биосинтез валина, лейцина и изолейцина".

    Этап Ферментативная реакция EC фермента Код реакции R
    1 Pyruvate + Thiamin diphosphate <=> 2-(alpha-Hydroxyethyl)thiaminediphosphate + CO2 1.2.4.1, 2.2.1.6 R00014
    2 (S)-2-Acetolactate + Thiamin diphosphate <=> 2-(alpha-Hydroxyethyl)thiamine diphosphate + Pyruvate 2.2.1.6 R04672
    3 (S)-2-Acetolactate <=> 3-Hydroxy-3-methyl-2-oxobutanoic acid 1.1.1.86, 5.4.99.3 R05071

    Исследование метаболического пути в других организмах

    Таблица 2. Возможность пути превращения пирувата в L-валин в различных организмах с известными полными геномами.

    Организм Возможность цепочки реакций Обоснование
    Escherichia coli Да Для каждой стадии присутствует хотя бы один фермент, способный ее катализировать
    Haemophilus influenzae Rd KW20 Да Для каждой стадии присутствует хотя бы один фермент, способный ее катализировать
    Methanococcus janaschii Да Для каждой стадии присутствует хотя бы один фермент, способный ее катализировать
    Arabidopsis thaliana Да Для каждой стадии присутствует хотя бы один фермент, способный ее катализировать
    Homo sapiens Нет Для 4 последовательных стадий не описано катализирующих ферментов