Поиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностях Задача - найти регуляторный мотив (набор сайтов) в полученных последовательностях с помощью программы MEME.
Изначально были заданы последовательности перед генами, экспрессия которых регулируется пуриновым репрессором. Синим цветом выделены экспериментально установленные сайты связывания белка PurR.
Необходимо было определить, при каких длинах последовательностей и каком числе лишних (то есть не содержащих сайта) последовательностей программа MEME способна находить сайты, совпадающие с экспериментальными.
Требовалось найти регуляторный мотив длиной 16 нуклеотидов в заданных последовательностях (часть из них вообще не содержит сайтов). Сайт считается совпадающим с экспериментальным, если он пересекается с ним на 8 или более нуклеотидов.
С помощью подсказок запускалась программа MEME с определенными параметрами.
Он-лайн программа доступна по ссылке http://meme.sdsc.edu/meme/meme.html

Обработав результаты, получили следующий результат: res1.doc.
В этом файле представлены участки поледовательностей, в которых производился поиск сайтов.
Синим выделены экспериментально установленные сайты; курсивом - сайты, найденные программой МЕМЕ с параметром "One per sequence"; жирным шрифтом - сайты, найденны программой МЕМЕ с параметром "Zero or one per sequence". Все сайты показаны на сером фоне.