Занятие 12. Семейства доменов
Упражнение 1. Используя ресурсы БД
Pfam исследуем доменную организацию
заданного белка.
Доменная организация белка GLPK_Ecoli
- Картинка со схематическим изображением доменной структуры GLPK_Ecoli
- Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре GLPK_Ecoli
На обеих схемах домены показаны одинаковыми цветами (зеленый N-концевой и
красный С-концевой), внедоменные участки белка серые.
- Домены в последовательности GLPK_Ecoli
Идентификатор Pfam
|
Название записи
|
Полное название домена
|
Положение в последовательности GLPK_Ecoli
|
PF00370
|
FGGY_N
|
FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
|
6-253
|
PF02782
|
FGGY_C
|
FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
|
256-481
|
Описание N-концевого домена белка GLPK_Ecoli
- Краткая характеристика домена PF00370
Этот домен принимает(присоединяет) Н-образный изгиб рибонуклеазы и структурно похож на аналогичный С-концевой домен
(This domain adopts a ribonuclease H-like fold and is structurally related to the C-terminal domain.)
- Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00370
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00370
|
Эукариоты |
Растения |
25 |
Грибы |
84 |
Животные |
156 |
Бактерии |
|
1396 |
Археи |
|
28 |
- Краткие ответы на следующие вопросы:
- сколько всего известно белков с доменами PF00370? - 1689 последовательностей
- что бывает чаще: домен PF00370 единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами? - почти всегда не один
- известны ли случаи дупликации домена PF00370? - да, есть таксоны в которых число доменов больше, чем число последовательностей. Кроме этого есть случаи разрыва домена на 2 и более частей
- известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00370? - есть схемы расположения доменов, где PF00370 не крайний (не N-концевой), возможно, из-за таких перестановок
Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности GLPK_Ecoli по данным БД InterPro
- Картинка с изображением всех подписей в белке.
- Табличка "Мотивы в белке GLPK_Ecoli по данным БД InterPro"
Название подписи
|
Положение в последовательности GLPK_Ecoli
|
Полное название базы данных
|
* Название
организации, поддерживающей данную БД.
|
* Город
и страна
|
FGGY_N |
6-253 |
Pfam 22.0 |
|
|
FGGY_C |
256-481 |
Pfam 22.0 |
|
|
FGGY_KINASES_2 |
363-383 |
PROSITE |
|
|
FGGY_KINASES_1 |
136-148 |
PROSITE |
|
|
FGGY_kin |
54-499 |
PANTHER |
|
|
Glycerol_kin |
54-499 |
PANTHER |
|
|
glycerol_kin |
5-497 |
The Comprehensive Microbial Resource (CMR) |
|
|
SSF53067 |
4-254 255-500 |
superfamily |
|
|
|