Занятие 12. Семейства доменов

Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam исследуем доменную организацию заданного белка.

Доменная организация белка GLPK_Ecoli

  • Картинка со схематическим изображением доменной структуры GLPK_Ecoli


  • Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре GLPK_Ecoli


    • На обеих схемах домены показаны одинаковыми цветами (зеленый N-концевой и красный С-концевой), внедоменные участки белка серые.
  • Домены в последовательности GLPK_Ecoli
    Идентификатор Pfam
    Название записи
    Полное название домена
    Положение в последовательности GLPK_Ecoli
    PF00370
    FGGY_N
    FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
    6-253
    PF02782
    FGGY_C
    FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
    256-481

Описание N-концевого домена белка GLPK_Ecoli

  • Краткая характеристика домена PF00370

    • Этот домен принимает(присоединяет) Н-образный изгиб рибонуклеазы и структурно похож на аналогичный С-концевой домен (This domain adopts a ribonuclease H-like fold and is structurally related to the C-terminal domain.)

  • Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00370
    Таксон
    Количество белков с доменом PF00370
    Эукариоты Растения 25
    Грибы 84
    Животные 156
    Бактерии   1396
    Археи   28
  • Краткие ответы на следующие вопросы:
    • сколько всего известно белков с доменами PF00370? - 1689 последовательностей
    • что бывает чаще: домен PF00370 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами? - почти всегда не один
    • известны ли случаи дупликации домена PF00370? - да, есть таксоны в которых число доменов больше, чем число последовательностей. Кроме этого есть случаи разрыва домена на 2 и более частей
    • известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00370? - есть схемы расположения доменов, где PF00370 не крайний (не N-концевой), возможно, из-за таких перестановок

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности GLPK_Ecoli по данным БД InterPro

  • Картинка с изображением всех подписей в белке.


  • Табличка "Мотивы в белке GLPK_Ecoli по данным БД InterPro"
    Название подписи
    Положение в последовательности GLPK_Ecoli
    Полное название базы данных
    * Название организации, поддерживающей данную БД.
    * Город и страна
    FGGY_N 6-253 Pfam 22.0    
    FGGY_C 256-481 Pfam 22.0    
    FGGY_KINASES_2 363-383 PROSITE    
    FGGY_KINASES_1 136-148 PROSITE    
    FGGY_kin 54-499 PANTHER    
    Glycerol_kin 54-499 PANTHER    
    glycerol_kin 5-497 The Comprehensive Microbial Resource (CMR)    
    SSF53067 4-254 255-500 superfamily    


©Маврин Сергей,2007