Белок с идентификатором Uniprot ID Q8AYM3 был извлечен из UniProt. Это белок курицы (Gallus gallus), АТФ/АДФ-антипортер. Его прототип - белок быка (Bos taurus с AC P02722 (PDB ID 1OKC). Его последовательность из PDB отличается от последовательности из Uniprot только отсутствием первого метионина, что не влияет на нумерацию в PDB-файле.
Последовательности имеют одинаковую длину (298 а.о.), программой needle выровнены по всей длине без гэпов. Процент идентичности составляет 89.9, процент сходства - 96.0.
Результат работы программы TMHMM приведен здесь. Полученное выравнивание в формате Clustal приведено здесь.
На выравнивании, которое приведено ниже, последовательность "OPM" отражает данные соответствующей базы данных о белке ADT1_BOVIN, а последовательность "TMHMM" - предсказание сервиса TMHMM для белка Q8AYM3_CHICK. Зелеными буквами "H" обозначены трансмембранные участки, красными символами "+" - петли, лежащие в матриксе митохондрий, а синими символами "-" - участки в межмембранном пространстве. Из полученных данных видно, что предсказания TMHMM и данные базы OPM практически совпадают для 3 трансмембранных участков, в то время как еще 3 в предсказании TMHMM отсутствуют. Однако на графике постериорных вероятностей, выдаваемом TMHMM, можно заметить незначительные повышения вероятности быть в мембране для этих 3 участков.
Количественное сравнение полученного предсказания и данных OPM описано в таблице ниже.
Результаты предсказания топологии мембранного белка Q8AYM3_CHICK
| Характеристика | Значение |
| Всего а.о. | 298 |
| Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) | 69 |
| Предсказано правильно (TP) | 68 |
| Предсказанно ошибочно (FP) | 1 |
| Не предсказано правильно (TN) | 152 |
| Не предсказанно ошибочно (FN) | 77 |
| Чувствительность = TP / (TP+FN) | 0.47 |
| Специфичность = TN / (TN+FP) | 0.99 |
| Точность = TP / (TP+FP) | 0.99 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 0.01 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0.34 |