Изображение области связывания лиганда ANP с белком PHOQ_ECOLI

Выделение этой области осуществлено с помощью команд программы RasMol.
Алгоритм выделения:

выделить вокруг лиганда область радиусом 4,5Å
within (4.5; "ligand")
раскрасить аминокислоты по атомам (аминокислоты в проволочной модели)
проследить какие аминокислоты могут образовывать связь с лигандом и изобразить эти связи
Pick Distance на кнопке Settings
изобразить атомы аминокислот белка, участвующих в образовании связей с лигандом, в виде шариков соответствующего цвета

Остов белковой цепи изображён тонкими серыми линиями, показаны: лиганд ANP (изображен линиями средней толщины), аминокислотные остатки, контактирующие с лигандом, показаны в проволочной модели и раскрашены "по атомам". Атомы белка, образующие связь с лигандом выделены шариками (N- шарики синего, O-красного цветов).

Описание плана генно-инженерного эксперимента

    I. Список аминокислотных остатков белка, контактирующих с лигандом (т.е. находящихся на расстоянии меньшем чем 4,5A): Ala 390, Tyr 393, Asp 415, Gly 419, Leu 446, Arg 434, Asn 385, Arg 439, Lys 392, Asn389 (Приведены названия аминокислот и их номера в цепи). Тем не менее не все из них участвуют в связывании лиганда с белком. Так аминокислоты Ala390 и Gly 419 находятся не достаточно близко к лиганду, чтобы образовать с его атомами водородные связи и поэтому их замена на аминокислоты, радикалы которых не содержат заряженных атомов или групп, никак не должна повлиять на способность белка связываться с лигандом. Их можно заменить, например, на лейцин или изолейцин.
    II. Предложение замен аминокислотных остатков белка, которые могут привести к потере способности связывания белка с лигандом: Сильно повлияет на связываемость с лигандом замена аминокислот, образующих с ним связи, на аминокислоты, не способные этого делать. Например, Tyr 393 образует с лигандом стекинг-взаимодействие, поэтому его замена на аминокислоту, не содержащую ароматических колец и поляризованных атомов (например, на глицин или лейцин) сильно повлият на связываемость белка с ANP.
    III. Предложение замен аминокислотных остатков белка, контактирующих с ANP, которые не могут повлиять на способность связывания белка с лигандом :Никак не повлияет на связываемость белка с ANP замена аминокислот, которые образуют с ним водородные связи, на другие аминокислоты, которые также способны образовать с ним водородную связь. Например, замена ASP415 на глутаминовую кислоту.