Поиск гомологов при помощи программ BLASTP и PSI-BLAST

Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTP

Результаты поиска гомологов с помощью программы PSI-BLAST

• Первая интерация совпадает с результатом поиска с помощью BLAST без участия профилей (как и в обычном BLASTP).
• PSI-BLAST может быть использован для поиска далёких гомологов белка таких, что какая-то часть этих полипептидов осталась неизменной в связи с выполняемой функцией, а другие части претерпели сильные изменения в ходе эволюции.
• E-value для IF1A_PYRAB при различных итерациях PSI-BLAST изменяется, это может быть связано с различием профилей, используемых при поиске гомологов при каждой последующей итерации. В начале E-value уменьшается (за счёт использования профиля), а затем увеличивается, вероятно за счёт расширения выборки (включение не найденых ранее белков).