Работа с базой данных Pfam

Доменная структура аминокислотной последовательности белка PHOQ_ECOLI

Домены белка PHOQ_ECOLI из базы данных PfamA:

Идентификатор Pfam	Сокращенное название	Полное название	Расположение в последовательности
PF00672	HAMP	Гистидинкиназа	195-263 а.о.
PF00512	HisKA	Гистидинкиназа (фосфоакцептор)	267-330 а.о.
PF02518	HATPase_c	Гистидинкиназа, ДНК-гураза В и HSP90-подобная АТФ (!)	374-479 а.о.

Расположение домена HATPase_c в белке:

PDB идентификатор-1a4h

Описание N-концевого домена белка PHOQ_ECOLI

Этот домен известен как домен специфичный к гистидинкиназе.Он был найден в бактериальных рецепторах и в эукариотической гистидинкиназе. Белки бактерий обычно связаны с мембранными белками, образуя тем самым двухкомпанентную систему передачи сигнала.

N-концевой домен белка PHOQ_ECOLI в различных организмах

Таксон	Количество белков с доменом HAMP
Растения	3
Грибы	30
Животные	2
Бактерии	2365
Археи	44

Всего известно 2931 белка с доменом HAMP. Как правило, этот домен встречается в сочетании с другими доменами, чаще всего с HisKA и MCPsignal. Случаи дупликации известны для белков - Q6C775_YARLI, O94094_NECHA, Q6J9Y3_9PLEO, Q9UUN8_NECHA, Q66WP8_ALTBR, O86808_STRCO (11 HAMP-доменов в белке!), Q67PI7_SYMTH, Q96VB7_BOTCI, Q95PH6_DICDI (12 HAMP-доменов в белке!!), Q89S13_BRAJA, Q8YXU0_ANASP, Q98II7_RHILO, Q82P48_STRAW, Q9KY11_STRCO, Q7NMY0_GLOVI.
В белках Q7Z8T5_COCHE,Q66WP4_ALTBR представлено по 2 и 3 соответствено домена HAMP, больше никаких доменов в этих белках не представлено.