Исследование филогенетического дерева белков семейства глобинов из Elasmobranchii, Cyprinus carpio и Homo sapiens.

Сначала с помощью SRS были получены аминокислотные последовательности выборки в формате fasta. Выборка - это белки семейства глобинов из Elasmobranchii, Cyprinus carpio, Homo sapiens, Chelonia mydas и Makaira nigricans. Во всей выборке было удалено 4 фрагмента, белков из 2-х подвидов одного вида обнаружено не было, конечная выборка составила 51 белок.

Аминокислотные последовательности в Fasta2Seq формате

Перечень организмов всех трех выборок

С помощью программы emma было построено множественное выравнивание последовательностей выборки. Затем с помощью программы eprotdist была построена матрица попарных расстояний между белковыми последовательностями выборки. Было реконструировано филогенетическое дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining) с помощью программы eneighbor, принимающей на вход выходной файл, содержащий матрицу попарных расстояний, программы eprotdist. Дерево визуализировано программой GeneMaster. Ветви, соответствующие внешней группе, сделаны потолще, а соответствующие подписи вершин подчеркнуты. Фаил с деревом можно видеть здесь

Последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме называются паралогами. Как правило, они имеют разные функции. На дереве изображено три группы паралогов (зеленая рамочка).

Ортологи - белки, имеющие общее происхождение и, как правило, выполняющие схожие функции. На дереве выделено три группы ортологичных белков (красная рамочка).

Таксономическое дерево