Карта Рамачандрана белка TolC
С помощью логических функций Excel найден фрагмент последовательности
в котором для всех аминокислотных остатков справедливо:
"phi"=-66°±12,3,"psi"=-41°±19,3.
Структура этого фрагмента выглядит как альфа-спираль.
На карте Рамачандра моего белка просматриваются три области.
Самая густая(красная)-это аминокислотные остатки,принадлежащие к альфа-спирали.Эта область обычно хорошо видна на картах почти всех белков,потому что альфа-спираль -одна из самых распространенных структур строения белков.
Вторая область(сиреневая)-это 3-10 спираль.В моем белке она плохо выражена и,вероятно, что точки,которые я принял за эту спираль,не принадлежат ей.Но вообще она должна находиться на отрицательной полуоси phi(где-то около средних значений).
Третья область-это бета-листы.На карте эта область зеленоватая.Листы могут быть как параллельными,так и антипараллельными.У моего белка они антипараллельные,что было видно по ходу цепи.
В положительной phi-полуплоскости тоже имеются некоторые точки. Они относятся к переходным областям,причем большинство из них принадлежат глицину. Это может объясняться большей подвижностью его радикала из-за его малых размеров.
В целом мой белок имеет «типичную» карту Рамачандра,в чем я мог удостовериться, посмотрев на другие карты.