| Характер выравнивания | Последовательности | Параметры | Картинки | Выравнивание оптимального пути | Вес оптимального выравнивания |
| Локальное |
Первая:QMKKLLPIL Вторая:MKPIL |
Цена совпадения:+2,цена делеции:-2,цена замены:-1 |
|
PIL PIL |
вес=6 |
| Глобальное |
Первая:IGLSL, вторая:GLS |
Цена совпадения:+2,цена делеции:-2,цена замены:-1 |
|
IGLSL -GLS- |
вес=2 |
и
Удачное выравнивание второго участка искусственной последовательности получилось,если за начальный участок взять 479 остаток моего белка TolC и 11 остаток "искусственной" последовательности (участок состоит из 10 остатков):
Удачное выравнивание первого участка искусственной последовательности получилось,если за начальный участок взять 7 остаток моего белка TolC и 1 остаток "искусственной" последовательности (участок состоит из 10 остатков):
Еще получилось одно выравнивание искусственной последовательности и моего белка.Это пограничный участок между половинками искусственной последовательности: соответствует с 8 по 12 и.п. и с 110 по 114 остатка моего белка (участок состоит из 4 остатков):
| Выравнивание 1 | Выравнивание 2 |
| Открытие делеции=1,продолжение делеции=1,матрица EBLOSUM80 | Открытие делеции=10,продолжение делеции=1,матрица EBLOSUM62 |
|
|
Различия связаны с тем при большом штрафе за открытие делеции (выравнивание 2) программе не выгодно открывать делецию, а легче сделать замену и наоборот (выравнивание 1),когда цена делеции и замены одинакова. Матрица EBLOSSUM80 пытается сделать как можно больше совпадений, так как использует хороших гомологов для выравнивания, в отличие от матрицы EBLOSSUM62.