BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии


BLASTp( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)-программа, при помощи которой выполнялось задание.


  1. Часть 1. Поиск белка TolC по фрагменту его аминокислотной последовательности
    Поиск проводился по базе данных SwissProt.Причем при поиске по маленькому кусочку нужно было изменять настройку Expect. Еще нужно было убрать галочку Low Complexity.

    Исследуемый кусок Последовательность Процент совпадающих остатков в выравнивании Вес выравнивания E-value
    Первый кусок из 30 остатков mqmkkllpil iglslsgfss lsqaenlmqv 100% 35.4 0.026
    Кусок с измененными 3-мя остатками mqmkkllpil sfgslsgfss lsqaenlmqv 90% 32.7 0.18
    10 остатков rtivdvldat 100% 22.7 162

    При поиске в Blastp нужно учитывать, что чем меньше
    последовательность, тем больше вероятность того, что программа
    найдет "случайных" гомологов (величина Expect), поэтому необходимо
    повысить ее порог при поиске куска с 10-ю остатками.

  2. Часть 2. Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

    Среди первых 20 приведенных программой
    белков нашлось всего 6 "примерно" ортологов,содержащих
    хотя бы название Rbsr в общем имени.Но, удивительно ,что все
    "ортологи" имеют очень маленькое E Value.
    Я бы не стал использовать эту программу для поиска.Она дает
    сомнительные результаты...

На первую страницу

На второй семестр