Поиск мотивов в последовательности TolC Ecoli с помощью средств PROSITE


В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов.




С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 26 известных мотивов в последовательности TolC.
Результаты поиска (таблица).

Идентификатор паттерна (accession number) Идентификатор документацииPROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом Паттерн (регулярное выражение ) Число мотивов, обнаруженных в моем белке
PS00001* PDOC00001 сайт N-гликозилирования N-{P}-[ST]-{P} 3
PS00005* PDOC00005 Сайт фосфолирирования протеин-киназой С [ST]-x-[RK]. 5
PS00006* PDOC00006 Сайт фосфорилирования казеин-киназой II [ST]-x(2)-[DE]. 10
PS00008* PDOC00008 Сайт N-миристоилирования G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. 8

Звездочкой (*) отмечены паттерны, которые часто встречаются в различных
белках. К сожалению ни один из паттернов, встречающихся
в моем белке не имеет профиля...



Для того, чтобы придумать последовательность, удовлетворяющую
паттерну я выбрал паттерн сайта N-миристоилирования:
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}, в моем белке ему удовлетворяют
следующие участки:
Начало участка Конец участка Последовательность
12 17 GLSLSG
69 74 GADYTY
83 88 GINSNA
279 284 GISDTS
292 297 GAAGTQ
309 314 GLSFSL
319 324 GGMVNS
320 325 GMVNSQ

Я придумал последовательность GGGGGG, она удовлетворяет паттерну.

На первую страницу

На второй семестр

Назад