Пространственная структура DACC_BASCU (PBD ID 1W5D)
Заголовок структуры: HYDROLASE 06-AUG-04 1W5D
Название структуры: CRYSTAL STRUCTURE OF PBP4A FROM BACILLUS SUBTILIS
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
| Идентификатор цепи | Число остатков | Название молекулы |
| A | 462 | PENICILLIN-BINDING PROTEIN |
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
| ID | Название | Формула | Число молекул |
| CA | Calcium (кальций) | HOH | 3 | HOH | WATER (вода) | HOH | 359 | |
Комментарии:
Есть некоторые различия с тем, что мы видим с помощью программы RasMol и тем, что записано в SEQRES pdb-файла. В цепи не достает 4 остатков.
В поле ‘REMARK’ написано:
MISSING RESIDUES
THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
M RES C SSSEQI
ALA A 1
GLU A 2
LYS A 3
GLN A 4
Следовательно, при проведении эксперимента данные остатки отсутствовали.
Создание скрипта
С помощью программы RasMol нужно было создать скрипт, посредством, которого получались различные изображения структур белка.
Скрипт порождал следующие картинки:
1.Всю структуру в шариковой модели
2.Структуру только белка в остовной модели
3.Структуру только белка в ленточной модели
4.Изображение всех компонентов структуры
Белок представили в остовной модели, лиганды из 2-х и более атомов, а также ДНК – в шарнирной модели с раскраской по атомам.
5. Изображение концевых остатков у полипептидной цепи
Сначала получили изображение в остовной модели полипептидной цепи, далее N- и С-концевые аминокислотные остатки показали в шарнирной модели, подписали их названия и номера, и наконец, представили аминогруппу N-концевого остатка и атомы кислорода карбоксильной группы С-концевого в шариковой модели (с большим диаметром шариков, чем для остальных атомов); подписали их названия.
Скрипт
©Eliseeva Julia