Выравнивание последовательностей

Главная

1. Построение вручную выравнивания фрагментов последовательности двух родственных белков


Скопировала пару коротких последовательностей из таблицы в файл shortseqs.fasta.
Запустила программу GeneDoc и импортировала этот файл.
Выровняла последовательности.
Сохранила выравнивание под именем alignment.msf.


Посчтала процент идентичности:
Число колонок, в которых стоят одинаковые буквы - 15.
Общее число колонок выравнивания - 22.
Процент идентичности=одинаковые колонки*100%/общее число колонок выравнивания=15*100/22=68,18%.
Посчтала процент сходства:
Процентом сходства считается процент колонок либо с одинаковыми буквами, либо с буквами, отвечающими похожим остаткам. Сходными остатками считаются такие, для которых значение элемента матрицы сходства BLOSUM62 положительно.
Процент сходства=сходные колонки*100%/общее число колонок выравнивания=18*100/22=81,8%.

2. Пользуясь возможностями Excel построила карту локального сходства последовательностей из задания 1


Для отметки совпадающих букв цифрой "1" воспользовалась формулой.
Бирюзовым цветом закрасила ячейки, соответствующие оптимальному выравниванию.


Excel-таблица

3. Пользуясь программой bl2seq выровнила первый фрагмент из задания 1 (LSKLFVPFMKLSNNGHAEVL) с последовательностью моего белка(P39844)


Программа bl2seq строит частичные выравнивания; ее следует применять для выравнивания одинаковых или очень сходных последовательностей.
Нашла внизу страницы гиперссылку Align и перешла по ней.
Выбрала вкладку blastp (это вариант для выравнивания белковых последовательностей)
Определила с помощью этого сервиса координаты (начало и конец) последовательности фрагмента в полной последовательности белка:
317-336.
Cохранила и присоединила к отчёту выравнивание, которое строит сервис bl2seq: 

>lcl|59277 unnamed protein product

Length=20


 Score = 45.4 bits (106),  Expect = 5e-12, Method: Composition-based stats.

 Identities = 20/20 (100%), Positives = 20/20 (100%), Gaps = 0/20 (0%)


Query  317  LSKLFVPFMKLSNNGHAEVL  336

            LSKLFVPFMKLSNNGHAEVL

Sbjct  1    LSKLFVPFMKLSNNGHAEVL  20

4. Пользуясь сервисом bl2seq выровнила последовательность моего белка (P39844) с последовательностью гомологичного (P39045) белка 


>sp|P39045.1|DAC_ACTSP  RecName: Full=D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase; Short=DD-carboxypeptidase; 

Short=DD-peptidase; AltName: Full=Penicillin-binding 

protein; Short=PBP; Flags: Precursor

 emb|CAA46023.1|  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase [Actinomadura sp.]

Length=538



                                                         Sort alignments for this subject sequence by:

                                                           E value  Score  Percent identity

                                                           Query start position  Subject start position

 Score =  347 bits (890),  Expect = 4e-117, Method: Compositional matrix adjust.

Identities = 209/456 (46%), Positives = 268/456 (59%), Gaps = 13/456 (3%)


сQuery  40   IDKILADHPALEGAMAGITVRSAETGAVLYEHSGDTRMRPASSLKLLTAAAALSVLGENY  99

            ID IL D PALEGA++G+ V    TG  LY   G  ++ PAS++KL TAAAAL VLG ++

Sbjct  58   IDAILED-PALEGAVSGVVVVDTATGEELYSRDGGEQLLPASNMKLFTAAAALEVLGADH  116



Query  100  SFTTEVRTDGTLKGKKLNGNLYLKGKGDPTLLPSDFDKMAEILKHSGVKVIKGNLIGDDT  159

            SF TEV  +     +    +LYL G+GDPTL   D D MA  +  SGV+ ++G+L  DDT

Sbjct  117  SFGTEVAAESAPGRRGEVQDLYLVGRGDPTLSAEDLDAMAAEVAASGVRTVRGDLYADDT  176



Query  160  WHDDMRLSPDMPWSDEYTYYGAPISALTASPNEDYDAGTVIVEVTPNQKEGEEPAVSVSP  219

            W D  RL  D    DE   Y A ISALT +  E +D G   V VTP   EGE   V +  

Sbjct  177  WFDSERLVDDWWPEDEPYAYSAQISALTVAHGERFDTGVTEVSVTP-AAEGEPADVDLGA  235



Query  220  KTDYITIKNDAKTTAAGSEKDLTIEREHGTNTITIEGSVPVDANKTKEWISVWEPAGYAL  279

               Y  + N A T AAGS   L I+R  GTNTI + GS+P DA       +V EPA  A 

Sbjct  236  AEGYAELDNRAVTGAAGSANTLVIDRPVGTNTIAVTGSLPADAAPVTALRTVDEPAALAG  295



Query  280  DLFKQSLKKQGITVKGDIKTGEAPSS---SDVLLSHRSMPLSKLFVPFMKLSNNGHAEVL  336

             LF+++L+  G+TVKGD+  G  P+    ++VL  H S  LS++ VPFMK SNNGHAE+L

Sbjct  296  HLFEEALESNGVTVKGDVGLGGVPADWQDAEVLADHTSAELSEILVPFMKFSNNGHAEML  355



Query  337  VKEMGKVKKGEGSWEKGLEVLNSTLPEFGVDSKSLVLRDGSGISHIDAVSSDQLSQLLYD  396

            VK +G+   G G+W+ GL  +   L   GVD+  LVL DGSG+S  + V++D +  LL  

Sbjct  356  VKSIGQETAGAGTWDAGLVGVEEALSGLGVDTAGLVLNDGSGLSRGNLVTADTVVDLLGQ  415



Query  397  IQDQSWFSAYLNSLPVAGNPDRMVGGTLRNRMKGTPAQGKVRAKTGSLSTVSSLSGYAET  456

                 W   +  SLPVAG  D  VGGTL NRM+GT A+G V AKTG++S VS+LSGY   

Sbjct  416  AGSAPWAQTWSASLPVAGESDPFVGGTLANRMRGTAAEGVVEAKTGTMSGVSALSGYVPG  475



Query  457  KSGKKLVFSILLNGLIDEEDGK---DIEDQIAVILA  489

              G +L FSI+ NG      G     ++D IAV LA

Sbjct  476  PEG-ELAFSIVNNG----HSGPAPLAVQDAIAVRLA  506



 Score = 15.0 bits (27),  Expect = 6.6, Method: Compositional matrix adjust.

 Identities = 9/21 (43%), Positives = 14/21 (67%), Gaps = 1/21 (5%)


Query  33   QDALSGQIDKILADHPALEGA  53

            QDA++ ++ +  A H A EGA

Sbjct  498  QDAIAVRLAE-YAGHQAPEGA  517
ID DACC_BACSU DAC_ACTSP
Организм Bacillus subtilis Actinomadura sp. R39
Процент идентичности (Identities) 43%
Процент сходства (Positives) 67%
Число гэпов 13
Число идущих подряд гэпов 3,3 4
Суммарное число гэповых колонок 0
Координаты выровненных участков
40-489
58-506

Для второго варианта выравнивания другие значения:
Identities 43%
Positives 67%
Gaps 5% (1)
Координаты 33-53
498-517

Карта локального сходства


©Eliseeva Julia