Комплексы ДНК-белок

Главная

Задание 1. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре (1d5y)
Упражнение 1

  • Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1)
  • Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2)
  • Множество атомов азота в азотистых основаниях (set3)


Упражнение 2


Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре.
Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы.
Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å.
Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
      остатками 2'-дезоксирибозы 6 24 30
      остатками фосфорной кислоты 37 39 76
      остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 4 24 28
      остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0


Наблюдаем, что наибольшее число контактов (полярных и неполярных) находятся между белком и остатками фосфорной кислоты. Видимо, из-за своего расположения более подвержены взаимодействиям. Нет контактов атомов белка с остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки, так как атомы азотистых оснований, направленных в сторону малой бороздки, пространственно недоступны. Скрипт


Упражнение 3


Популярная схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.

Chain M .................................................. Chain N




Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК-это Trp36(A).

По-моему,данный aминокислотный остаток наиболее важный для распознавания последовательности ДНК.


Задание 2


Упражнение 1

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК


При параметрах:
Minimum score threshold [50]: 10
Match score [3]: 10
Нашлось 2 стебля:акцепторный и антикодоновый. Определились также как в find_pair.
При параметрах:
Gap penalty: 15
Minimum score threshold: 25
Match score: 10
Mismatch score: -15
Нашелся T-стебель, полностью совпадает.

Участок структуры
Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-1-7-3'
5'-66-72-3'
Всего 7 пар (6 канонич.) 		все 6
 все 6 канонич.
D-стебель 5'-10-13-3'
5'-22-25-3'
Всего 4 пары (все канонич.) 		Не найдено все 4
T-стебель 5'-49-53-3'
5'-61-65-3'
Всего 5 (все канонич.) 		все 5 Все 5
Антикодоновый стебель 5'-38-44-3'
5'-26-33-3'
8 пар (5 канонических) 		все 6 4 канонич. +1
Общее число канонических пар нуклеотидов 20 17 19


Упражнение 2


Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.
Программа mfold из пакета EMBOSS реализует алгоритм Зукера.
Постаралась подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре.
Результаты внесла в таблицу.
Картинка с лучшим предсказанием. Было выдано при параметрах по умолчанию(p=5).
©Eliseeva Julia