Классификация ферментов (EC)

Главная

1.Сбор информации о своем ферменте


В таблице нашла 'свой' идентификатор Swiss-Prot человеческого фермента: AK1A1_HUMAN.
С помощью Swiss-Prot определила EC-код своего фермента: EC=1.1.1.2.
Расшифровка EC-кода:
КлассификацияЦифраОписание
Класс1Оксидоредуктазы
Подкласс1Воздействуют на CH-OH группу доноров
Подподкласс1C NAD или NADP в качестве акцептора
Порядковый номер2алкогольдегидрогеназа(NADP+)

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?


С помощью SRS выяснила, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с моим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре.
ЕС кодЧисло записей
1.*.*.*571
1.1.*.*121
1.1.1.*100
1.1.1.24

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?


С помощью SRS получила список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым моего фермента.
ec1.fasta
ec1.txt
Получилось 549 результатов с EC=1.*, 115 результатов с EC=1.1.*, 97 результатов с EC=1.1.1.*, 4 результата с EC=1.1.1.2.
С помощью программы blastp среди найденных белков можно определить сходные по последовательности с ферментом AK1A1_HUMAN(порог по e-value по умолчанию 10).
seqret sw:ak1a1_human
makeblastdb -in ec1.fasta -out om -dbtype prot
blastp -query ak1a1_human.fasta -db om -out ac1a1_homologs.out -outfmt 6
В результате было найдено 15 белков. Из них, я думаю, 11 первых могут быть гомологами.
ID белкаE-valueEC-код
AK1A1_MOUSE0.01.1.1.2
ALDR_MOUSE6e-1011.1.1.21
ALD2_MOUSE7e-1001.1.1.21
ALD1_MOUSE3e-981.1.1.21
AK1D1_MOUSE2e-971.3.1.3
DHB5_MOUSE3e-881.1.1.-
AKCL2_MOUSE8e-881.1.1.263
AK1CD_MOUSE3e-861.1.1.-
AKC1H_MOUSE6e-841.1.-.-
AK1CL_MOUSE2e-831.1.1.-
ARK72_MOUSE5e-041.1.1.n11
DHR11_MOUSE0.901.-.-.-
NB5R1_MOUSE4.71.6.2.2
NDUV2_MOUSE5.31.6.5.3/1.6.99.3
HEPH_MOUSE8.31.-.-.-

Находки с наименьшими e-value совпадают с ферментом AK1A1_HUMAN по всей классификации (EC-коду).
А DHB5_MOUSE(EC=1.3.1.3) и HEPH_MOUSE(1.6.5.3/1.6.99.3) тоже являются дегидрогеназами.
©Eliseeva Julia