Геномные браузеры

Главная

1. EnsEMBL

Портал EnsEMBL (читается "ансамбль", от французского слова "ensemble" отличается написанием, намекающим на банк EMBL) расположен по адресу http://www.ensembl.org и предназначен для визуализации известной информации о геномах человека и животных.
Для начала поискала информацию о гене человека (MICA), который описывала на занятии по EMBL (задания 2 и 3).
Начала с поиска последовательности участка гена (532785-533072) в человеческом геноме сервисом "BLAST/BLAT" (гиперссылка вверху заглавной страницы).
Было выдано изображение расположения данной последовательности в кариотипе человека:

Ниже видим расположение совпадений относительно запроса(багровый цвет - полное совпадние последовательностей).

Далее - таблица находок. Видим (как и на картинке), что последовательность приходится на шестую хромосому, также указаны другие данные: начало и конец, ori(orign of replication), вес, E-value, процент сходства, длина.

Затем прошла по гиперссылке "Contig view", обозначенной маленькой буквой "C" левее первой находки (в таблице находок внизу страницы).
Открылась страница "Region in detail" , посвящённая участку человеческого генома.
Здесь представлено расположение данного фрагмента относительно других контигов (набор перекрывающихся фрагментов ДНК, которые в совокупности представляют собой консенсусную область ДНК).
На данном изображении видим расположение последовательности гена(красный) на хромосоме:

На схеме указано расположение данного гена на хромосоме(темно-красный), контиги(голубые и синие).

На следующее схеме изображена кодирующая ДНК(зеленая), ген, кодирующий белок(темно-красный).

2. Другие геномные браузеры

Ссылки на три других браузера имеются в EnsEMBL'е на странице, посвящённой участку генома, в меню слева.

UCSC

Понравилась красивая заставка:

В интерфейсе доминируют холодные цвета, что настораживает после 'веселого' Ensembl.
На данном изображении представлена хромосома с нужным участком (красный).

Далее представлена схема (даже с множественным выравниванием):

NCBI
Морская тема продолжается...
Данное изображение было спрятанно в левом нижнем углу (но нашла!;]):

Видимо, авторы предпочитают ось y:

Vega
Также изображение хромосомы с нужным участком (выделен красной рамкой):

И схемы:

Vega предназначен для геномов позвоночных (есть собаки=).
Наверное, самый "мой" геномный браузер (близкое название, красочный интерфейс).