Реконструкция филогенетических деревьев

Главная

1. Отобранные на прошом занятии бактерии:

Название	Мнемоника
Bacillus anthracis	BACAN
Clostridium tetani	CLOTE
Enterococcus faecalis	ENTFA
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus aureus	STAA1

Пользуясь таксономическим сервисом NCBI,определила, к каким таксонам относятся отобранные мною бактерии:

Название	Мнемоника	Тип	Класс	Отряд	Семейство
Bacillus anthracis	BACAN	Firmicutes	Bacilli	Bacillales	Bacillaceae
Clostridium tetani	CLOTE	Firmicutes	Clostridia	Clostridiales	Clostridiaceae
Enterococcus faecalis	ENTFA	Firmicutes	Bacilli	Lactobacillales	Enterococcaceae
Geobacillus kaustophilus	GEOKA	Firmicutes	Bacilli	Bacillales	Bacillaceae
Lactobacillus acidophilus	LACAC	Firmicutes	Bacilli	Lactobacillales	Lactobacillaceae
Listeria monocytogenes	LISMO	Firmicutes	Bacilli	Bacillales	Listeriaceae
Staphylococcus aureus	STAA1	Firmicutes	Bacilli	Bacillales	Staphylococcaceae

На дереве отобранных мною бактерий есть ветви, выделяющие какие-нибудь из таксонов.
Например, CLOTE относится к классу Clostridia,а все остальные к Bacilli (соответственно, {CLOTE} против {BACAN,ENTFA,GEOKA,LACAC,LISMO,STAA1}).
Также отряд Bacillales и Lactobacillales ({LACAC,ENTFA} против {BACAN,GEOKA,LISMO,STAA1}).
И семейство Bacillaceae ({BACAN,GEOKA} против {LISMO,STAA1}).

2.

Из списка функций белков выбрала фактор элонгации трансляции G (EFG).
Получила из Swiss-Prot последовательности белков с данной функцией из отобранных мною бактерий.
Для этого воспользовалась командой:
seqret sw:efg_'название'(например, seqret sw:efg_bacan).
Записала результаты в файл efg.fasta.
Создала выравнивание отобранных белков и импортировала его в JalView:
воспользовалась программой muscle на kodomo( muscle -in efg.fasta -out efg_aligned.fasta);
открыла в JalView.
В рабочей директории сохранила проект JalView и выравнивание в fasta-формате(jview.fa).

3.

Реконструировала филогенетическое дерево четырьмя методами, доступными из JalView
Каждое дерево сохранила в Newick-формате в файл с соответствующим названием(j1.nwk,j2.nwk,j3.nwk,j4.nwk).
Изображения деревьев, сделанные программой Mega:

Average Distance Using % Identity

В этом дереве нет {LACAC,ENTFA}vs{CLOTE,GEOKA,BACAN,LISMO,STAA1} по сравнению с правильным деревом.
Правильно {BACAN,GEOKA}против остальных.
Правильно {BACAN,GEOKA,LISMO}против остальных.
{LACAC,ENTFA,BACAN,GEOKA,LISMO,STAA1} vs {CLOTE,LACAC} неправильно.
Листья ENTFA, LACAC прикреплены неправильно.

Neighbour Joining Using % Identity

Average Distance Using BLOSUM62

Листья ENTFA, LACAC прикреплены неправильно.
{GEOKA, BACAN} против всех правильно.
{GEOKA, BACAN,LISMO} против всех правильно.
Все остальные неправильно: {GEOKA,BACAN,LISMO,ENTFA} против всех, {GEOKA,BACAN,LISMO,ENTFA,LACAC} против всех.

Neighbour Joining Using BLOSUM62

5.

Импортировала выравнивание (файл в fasta-формате) в программу Mega (при импорте выбрала "Analyze").
Реконструировала дерево методом "Maximum Parsimony" (кнопка Phylogeny).
Укоренила дерево в наиболее правильную, с моей точки зрения, ветвь.