Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED

Главная
Мне выдан ген прокариотической системы секреции: D2TJQ7.
С помощью Uniprot нашла некоторую информацию о нем и заполнила таблицу:

Название	Организм	Функция	KEGG ID
Putative outer membrane efflux protein of T1SS	Citrobacter rodentium (strain ICC168)	transporter activity	ROD_29591

Затем перешла по ссылке GO annotation

GO Identifier	Название	Онтология	Описание
GO:0006810	Транспорт (transport)	Биологический процесс	Направленное движение веществ в, из, внутри клетки или между клетками через посредников типа транспортеров или пор.
GO:0005215	Транспортная активность (protein transporter activity)	Молекулярная функция	Способствует направленному движению частиц(таких как, макромолекулы, малые молекулы, ионы) в, наружу или в пределах клеки или между клетками.

Citrobacter rodentium - это грамм-отрицательная бактерия. Относится к группе патогенных организмов, которые поселились в полости кишечно-желудочного тракта организма "хозяина".
C. rodentium, вызывающий трансмиссивную толстокишечную гиперплазию, используется in vivo как системная модель для клинических исследований A/E(attaching and effacing) патогенов энтерогеморрагических и энтеропатогенных Escherichia coli.
Эта бактерия входит в состав зоны патогенности, назывемой локус уничтожения энтороцитов(locus of enterocyte effacement (LEE)), который кодирует type III secretion system, которая предназначаетс предназначена для доставки эффекторных протеинов в эукариотические клетки хозяина.
Эти эффекторы участвуют в разрушении функций эукариотической клеки хозяина в пользу бактерий. Но сам ген D2TJQ7 относится к системе 1(putative outer membrane efflux protein of T1SS)
Статья

База данных SEED

Воспользовалась SEED для поиска в геноме Citrobacter rodentium(в данном случае, Citrobacter koseri).
Найденный ген

Для получения ортологов были выставлены следующие параметры: Number of Regions:50, Evalue cutoff:1e-7, Region Size (bp):30000.

На первой картинке: цифрой 1(стрелка красного цвета) обозначен TolC precursor, рядом с ним справа putative esterase(синий,№4), слева ADP-ribose pyrophosphatase (коричневый,№3).
На второй картинке:цифрой 1(стрелка красного цвета) обозначен TolC precursor, рядом с ним справа possible lipoprotein(зеленый,№8), слева ADP-ribose pyrophosphatase (коричневый,№3).
TolC во всех случаях аннотирован одинаково и отнесен к нужной системе.
Видно, что в общем система сохраняется достаточно полно.