Heliobacterium modesticaldum Ice1

Раздел 1 "BASH"

Стандартные потоки

Stdin - стандратный поток ввода
Stdout- стандартный поток вывода.
Stderr - стандартный поток ошибок.
Их индификаторы соответственно: 0,1 и 2.
По умолчанию отображается сожержание потоков stdout и stderr. Поток stdout можно перенаправить с помощью символа “>” в файл. Если нужно дописать файл, то используется символ “ >>”. Для вывода потока stderr используется символ “2>”.

Спецсимволы

Пробел и символ табуляции отделяют параметры друг от друга.
Кавычки и обратная косая черта используются для передаче программам параметров, содержащих спецсимволы (например, имен файлов с пробелами).
В одинарных кавычках все символы (кроме, естественно, самой одинарной кавычки) воспринимаются буквально.
В двойных кавычках символы $ и ` (обратные кавычки) сохраняют специальное значение (вызов содержания переменной и подстановка вывода другой команды соответственно); кроме того, сочетание \$ превращается в (буквальный) символ $, \" — в символ ", а \` — в символ ` (обратная кавычка). Все остальные символы воспринимаются буквально.
Сочетание \ с любым символом превращается в этот символ.
Звездочка *, вопросительный знак ? и квадратные скобки [ ] используются для "масок" имен файлов. Например [0-9]* превращается bash-ем в список всех файлов текущей директории, чье название начинается с цифры.
Символы >, < и | предназначены для работы со стандартными потоками .
Символ ! можно использовать для вызова команды из журнала команд (просмотреть журнал можно, выполнив команду history).
Пользуясь символом ; (точка с запятой) можно исполнить одной строкой последовательность из двух или более команд — этот символ разделяет строку на последовательно выполняемые команды.
Для выполнения заданий мы использовали символ ‘звездочка (*)‘. Например…infoseq sw:dacc_bac*.

Раздел 2 "EMBOSS"

Получение информации о своём белке

Команда infoseq sw:rs3_ecoli выдает на терминал информацию о записи RS3_ECOLI банка SwissProt.
Нам необходимо записать информацию о своем белке в файл с именем 'ID_моего_белка'.info.
Сначала ввела команду: infoseq sw:DACC_BACSU, получила информацию, а чтобы сохранить ее в файл ввела команду: infoseq sw:DACC_BACSU > dacc.info.
Файл dacc.info стал выглядеть так:

USA Database Name Accession Type Length Organism Description

sw-id:DACC_BACSU sw DACC_BACSU P39844 P 491 Bacillus subtilis D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase dacC (DD-carboxypeptidase) (DD-peptidase) (3.4.16.4) (Penicillin-binding protein 4a) (PBP-4a) (Precursor)

Запись информации о своём белке

Команда infoseq -help выдает на терминал информацию о программе "infoseq".
Ввела команду infoseq -help>infoseq.info, но при проверке файл infoseq.info оказался пуст.
Чтобы записать в файл stderr, в bash можно применить сочетание символов 2>,при введении команды:infoseq -help 2> infoseq.info, информация появилась в файле.
Ссылка на этот файл.

Используя "*" в имени последовательности нашли такие же белки в других видах рода Bacillus.

Используем команду infoseq sw:dacc_bac*, но ничего кроме DACC_BACSU на экран не вывилось.

Повторим команду из предыдущего задания, используя разные опции изменения выдачи результата.

infoseq sw:guad_bac* 0> 0.info
infoseq sw:guad_bac* 1> 1.info
infoseq sw:guad_bac* 2> 2.info

Описание команды infoseq с перечислением некоторых опций программы

Опция	Описание	Пример
outfile	Указывает имя файла для вывода информации.	infoseq sw:dacc_bacsu -outfile file
heading	Указывает имя файла для вывода информации.	infoseq sw:dacc_bacsu -heading h
columns	Оформление в виде колонок.	infoseq sw:dacc_bacsu -columns c
html	Форматирование получаемой таблицы как HTML-таблицы.	infoseq sw:dacc_bacsu -html
delimiter	Разделитель для информации в полученном тексте(например, пробел ’ ‘)	infoseq sw:dacc_bacsu -columns n -delimiter ' '
only	Способ сокращения командной строки, для отображения только некоторых вещей.	infoseq sw:dacc_bacsu -only -length
usa	Отображение USA последовательности.	infoseq sw:dacc_bacsu -only -usa 1

Новые программы

seqret

Читает и записывает в файл последовательность. Её обязательные параметры:[-sequence] и [-outseq] (формат последовательности и название файла)
Пример. Ввела команду seqret sw:dacc_bacsu, затем в output sequence(s) [dacc_bacsu.fasta]: dacc_bacsu.seqret .
Т.е. сохранила как dacc_bacsu.seqret.

matcher

Получает несколько частичных выравниваний. Команда имеет 3 обязательных параметра: имя последовательности или её адрес (USA) [-asequence] и [-bsequence], имя выходного файла [-outfile].
Пример. Ввела команду matcher sw:DACC_BACSU sw:PSCA_DICDI.
Потом в Output alignment [dacc_bacsu.matcher]: dacc.matcher -alternatives 4
dacc.matcher .

stretcher

Получает быстрое оптимальное глобальное выравнивание двух последовательностей по алгоритму Нидлмана — Вунша. Команда имеет три обязательных параметра: имя последовательности или её адрес (USA) [-asequence] и [-bsequence], имя выходного файла [-outfile].
Пример. Ввела команду sw:dacc_bacsu sw:psca_dicdi . Затем в Output alignment [dacc_bacsu.stretcher]: dacc.stretcher .
dacc.stretcher .

needle

Выполняет оптимальное полное выравнивание.
Пример. Ввела команду needle sw:p39844 sw:p39045 needlealignment.needle -auto .
needlealignment.needle.

water

Выполняет оптимальное частичное выравнивание.
Пример. Ввела команду water sw:p39844 sw:p39045 wateralignment.water -auto .
wateralignment.water.

Дополнительные задания

Найдите у себя файл имя которого содержит "bash_history"

C помощью команды find нашла у себя файл, содержащий в своем имени строку "bash_history".
Использовала команду find ~ -name '*bash_history*'. Таким образом знала место расположения искомого файла, а именно: /home/students/y11/julia-eliseeva/.bash_history
Так как искомый файл (.bash_history) начинается с точки, команда ls игнорирует файлы, начинающиеся с точки. Чтобы просмотреть список всех файлов этой командой, необходимо использовать опцию –a.

Найти у себя файл с пробелом в имени

Для поиска использовала команду find ~ -name '* *' .
В результате получила спсок файлов:
/home/students/y11/julia-eliseeva/video/Sample Pictures.lnk
/home/students/y11/julia-eliseeva/Term1/Block1/Practices/Pr3/Learn Linux!
/home/students/y11/julia-eliseeva/Application Data
/home/students/y11/julia-eliseeva/Pr3/Learn Linux!
/home/students/y11/julia-eliseeva/My Videos
/home/students/y11/julia-eliseeva/public_html/projects/H. modesticaldum

USA	Database	Name	Accession	Type	Length	Organism	Description
sw-id:DACC_BACSU	sw	DACC_BACSU	P39844	P	491	Bacillus subtilis	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase dacC (DD-carboxypeptidase) (DD-peptidase) (3.4.16.4) (Penicillin-binding protein 4a) (PBP-4a) (Precursor)