Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Главная

1.Определение, в каких метаболических путях участвует мой фермент


Идентификатор гена в KEGG имеет вид:hsa:10327;
Открыла главную страничку KEGG и провела поиск гена по его KEGG-идентификатору.
В открышемся документе нашла описание метаболических путей ("Pathways"), ассоциированных с геном.
hsa00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
hsa00561 Glycerolipid metabolism
hsa01100 Metabolic pathways
Карта первого из найденных путей

Нахождение в KEGG структурных формул заданных соединений


В таблице нашла два названия химических соединений: дигидрооротат, урацил.
Дигидрооротат(dihydroorotate), идентификатор: C00337.
Структурная формула

Урацил(uracil), идентификатор: C00106.
Структурная формула

Нахождение метаболического пути от одного заданного вещества к другому


С главной страницы KEGG прошла по гиперссылке "KEGG PATHWAY".
Нашла гиперссылку "Search&Color Pathway" и проследовала по ней.
В поле запроса ввела найденные в предыдущем упражнении идентификаторы соединений.
Указала, что хочу раскрасить первое соединение красным, а второе – зеленым (C00337 red, C00106 green).
Выбрала нужную карту.
Выбранная цепочка ферментативных реакций
Карта: метаболизм пиримидина.
Путь: Дигидрооротат <-> урацил.
Найденный путь отметила на карте.
Выписала коды всех промежуточных соединений(оротат(C00295), оротидин 5'-фосфат(C01103), UMP(C00105), уридин(C00299)) и раскрасила их желтым.
Т.к. направления у пути нет, сделала исходно заданные соединения зелеными.
Раскрашенная карта

Сравнение метаболические путей у разных организмов


Определила, возможна ли выбранная в предыдущем упражнении цепочка ферментативных реакций у организмов, перечисленных в таблице ниже. Для этого перевела общую карту (Reference map) в режим, соответствующий выбранному организму.
Результаты внесла в таблицу.

Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах
Организм Цепочка реакций возможна
(да/нет/неизвестно)		 Обоснование
Bacillus subtilis нет отсутствует фермент, катализирующий 5-ю стадию(превращение уридина в урацил)
Archaeoglobus fulgidus да отсутствует ферменты, катализирующие 4-ю и 5-ю стадии
Arabidopsis thaliana нет отсутствует фермент, катализирующий 5-ю стадию(превращение уридина в урацил)
Homo sapiens нет отсутствует фермент, катализирующий 1-ю стадию(превращение дигидрооротата в оротат)

Bacillus subtilis
Archaeoglobus fulgidus
Arabidopsis thaliana
Homo sapiens
Карта для Homo sapiens
©Eliseeva Julia