Главная

Множественное выравнивание последовательностей


1.Выравнивание набора гомологов своего белка

a. Получила 5–10 гомологов своего белка, используя BLAST на NCBI

Запустила BLAST по Swiss-Prot, ограничив выдачу таксоном Bacteria и E-value меньше 0.001.
В результате нашла 4 подходящих гомолога.
Создала в рабочей директории файл со списком идентификаторов отобранных белков myproteins.list.
Выполнила (в своей рабочей директории на kodomo-count) команду:
seqret @myproteins.list myproteins.fasta ,чтобы получить в файле myproteins.fasta последовательности в fasta-формате.

b. Построила множественное выравнивание своего белка и всех найденных гомологов.

Открыла полученный файл с (невыровненными) последовательностями с помощью JalView и использовала программу через меню WebService => Alignment. .fasta .msf

c. Описание структуру выравнивания


По-моему,наиболее консервативные позиции:
Координаты по столбцам выравнивания:95-116; 352-372; 411-431; 478-496
Координаты по остаткам исследуемого белка:75-96; 314-334; 371-390; 435-453. Картинка

d. Указание, какие группы сходных аминокислот образуют в моем выравнивании функционально консервативные позиции

Чаще всего встретились G,L,D,A,
По несколько групп: D-G, L-S, T-G.

2. Программа Muscle

Задача – получить выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle и посмотреть на него в JalView.
Используя SRS, получила файл с последовательностями малых дельта-антигенов в формате fasta Зашла на SRS,на странице Library page отметьтила niPRotKB/Swiss-Prot, выбрала Standard Query Form.
В Taxonomy записала: Deltavirus, в Description: delta* и small*.
В результате получила запрос: (([swissprot-Taxonomy:Deltavirus*] & [swissprot-Description:delta*]) & [swissprot-Description:small*]). И 17 находок на него.
Затем сохранила найденные последовательности в fasta-формате (delta.fasta).
Чтобы выровнять несколько последовательностей, находящихся в файле "delta.fasta" программой muscle, выполнила команду:
muscle -in delta.fasta -out delta_aligned.fasta(delta_aligned.fasta)
Выходной файл (по умолчанию) имеет fasta-формат, но содержит, в отличие от входного, не просто набор последовательностей, а выравнивание.
©Eliseeva Julia