Занятие 6. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

Главная

Ознакомление с возможностями моделирования молекулярной динамики.

Даны файлы:
em.mdp - файл праметров для минимизации энергии,
pr.mdp- файл праметров для "утряски" воды,
md.mdp- файл праметров для молекулярной динамики.
C помощью программы fiber пакета 3DNA построила дуплекс с последовательностью GATCA.
Удалила 5' фосфаты из структуры дуплекса, прибавила буквы D к названиям нкулеотидов и заменила имя атома C5M на С7.
Получила файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs:
pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p
Далее сделала небольшой отступ в ячейке от ДНК:
editconf -f dna.gro -o dna_ec -d 1.5
Оптимизация геометрии системы:
grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1
mdrun -deffnm dna_em -v
Получилось, начальная сила: F-max = 4.810e+03 (atom 12);
конечная сила:F-max = 1.323e+03 (atom 304).
Добавила в ячейку молекулу воды:
genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s
Нейтрализовала заряд системы:
grompp -f em -p dna -c dna_s -o dna_s
genion -s dna_s -o dna_si -p dna -np 10 (10 - это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы).
Утряска воды:
grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm dna_pr -v
Переформатировала dna_pr.gro и dna_si.gro в pdb:
editconf -f dna_pr.gro -o dna_pr.pdb
editconf -f dna_si.gro -o dna_si.pdb
Получила файлы: dna_pr.pdb, dna_si.pdb
Дальше не смогла выполнить задания, т.к. не было доступа к суперкомпьютеру.