Главная

Паттерны и банк PROSITE


Упражнение 1. Создание паттернов по множественному выравниванию и проведение поиска по паттернам в банке данных Swiss-Prot

Рассмотрела в JalView множественное выравнивание, полученное при выполнении упражнения 1 прошлого занятия (.fasta).
Выбрала наиболее консервативный фрагмент выравнивания длиной 9 а.о. для дальнейшего исследования. Изображение


Рассмотрела выбранный фрагмент множественного выравнивания. Создала три паттерна, записала их в таблицу. Провела поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов, на сайте PROSITE. Результаты внесла в таблицу:

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?
Фрагмент последовательности VLRDGSGIS
1
Сильный [VI]-[LIY]-[NALR]-[DS]-[GS]-S-G-[LI]-[SR]
10
Слабый [VIL]- [LIY]-[NALR]-[DSN]-[GS]-S-G-[LIM]-[SRN]
14

 
Некоторые, выданные названия, явно отличаются от моего белка(DACC_BACSU). Например, GLND_RHITR, RUND1_MOUSE, SCAP_HUMAN, Y4IL_RHISN, Y9099_DICDI, YBET_ECOLI.

Упражнение 2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке DACC_BACSU

Идентификатор документа Prosite (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн Специфичность подпписи Число мотивов в белке
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site Паттерн [ST]-x-[RK] Неспецифична 12
PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования Паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} Неспецифична 7
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site Паттерн N-{P}-[ST]-{P} Неспецифична 3
PS00009 AMIDATION Amidation site Паттерн x-G-[RK]-[RK] Неспецифична 2
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site Паттерн [ST]-x(2)-[DE] Неспецифична 8
Мне были выданы только "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы.
©Eliseeva Julia