Самостоятельная работа

Главная

Работа в классе

Получила полный протеом сенной палочки в fasta-формате:
seqret sw:*_BACSU
Создала в своей рабочей директории индексные файлы пакета BLAST+:
makeblastdb -in bacsu.fasta -out bacsu -dbtype prot
Для вырезания своего фрагмента использовала опцию -sask программы seqret:
seqret AEWH01000006.embl -sask
Начало:70001
Конец:77001
Для получения последовательностей трансляций открытых рамок использовала программу getorf:
getorf my.fasta -table 11 -minsize 240 -find 1
сохранила в my.orf и new.fasta.
Далее vgrep ">" my.orf | sed -e "s/>//" -e "s/\[//" -e "s/\]//" -e "s/- //" -e "s/ AE.*//" -e "s/AE.*_//" -e "s/(REVERSE SENSE)/reverse/"
сохранила результат в new.txt.
Число сходных последовательностей, найденных программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001:
blastp -query new.fasta -db bacsu -out me.txt -evalue 0.01 -outfmt 6 -task blastp
Создала книгу Excel, включающую информацию обо всех открытых рамках считывания в моем фрагменте генома .my.xlsx.

Работа дома

4.

Таблица, содержащая информацию о тех открытых рамках, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность
(всего было найдено 13 открытых рамок длиной не менее 240 нуклеотидов, для 6 из которых с помощью blastp были найдены сходные последовательности белков Bacillus sublitis).

№ открытой рамки	Начало во фрагменте	Конец во фрагменте	Направление	*Число найденных blastp* сходных последовательностей**	Идентификатор самого близкого из найденных белков	E-value находки
AEWH01000006_5	3542	4348	прямое	1	UPPP_BACSU	8e-26
AEWH01000006_6	5671	6507	прямое	8	YITU_BACSU	2e-85
AEWH01000006_7	5540	4779	обратное	1	YITV_BACSU	2e-59
AEWH01000006_8	4750	4400	обратное	1	YITW_BACSU	1e-38
AEWH01000006_12	2043	1069	обратное	2	MED_BACSU	4e-75
AEWH01000006_13	943	8	обратное	3	FABH1_BACSU	1e-73

5.

Схематическое изображение положения на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis.

3'--[<= fabh1,8-943]---[<= med,1069-2043]-----------------------[<= yitw, 4400-4750]--[<= yitv, 4779-5540]--------------------------5'
5'------------------------------------------[=> uppp, 3542-4348]--------------------------------------------[=> yitu, 5671-6507]----3'

6.

Сравнение взаимного расположения предполагаемых генов рассматриваемого фрагмента генома бактерии Ornithinibacillus scapharcae и гомологичных им генов в геноме сенной палочки.
Рассмотрели для каждого предсказанного гена наиболее сходный из белков Bacillus subtilis.
В записи AL009126 банка EMBL, содержащей последовательность генома сенной палочки, нашли участки, кодирующие искомые белки.
Их расположение в геноме:

3'---[<= yitu,1190490-1191302]--------------------------------------------[<= fabh1,1208222-1209160]------[<= uppp,3194635-3195465]-----------------5'
5'-----[=> yitv,1191423-1192190]-[=> yitw,1192254-1192562]--[=> med,1206629-1207582]----------------------------------------------------------------3'

YITU, YITV, YTW, MED консервативны.
Только расположение UPPP сильно отличается.