Занятие 2. Восстановление кристалла.

Главная

1.3HDD

Скачала pdb-файл 3HDD c сайта RCSB.
Затем открыла 3HDD в PyMol. Покрасила одну цепь (chain A) в циановый цвет, а другую (chain B) в фиолетовый. ДНК покрасила зеленым (chain C + chain D).
Использованные команды:
PyMOL>color cyan, chain A
PyMOL>hide lines
PyMOL>show sticks
PyMOL>color violet, chain B
PyMOL>color green, chain C + chain D
PyMOL>ray
PyMOL>png 3hdd_1
Полученная картинка:

На краю" двойной спирали ДНК находится цепь B.
Восстановила соседние с этой цепью кристаллографические ячейки, используя команду:
PyMOL>symexp sym, 3hdd, chain b, 30
Нашла водородные связи этой цепи с ДНК из соседней ячейки:
PyMOL>dist hbond, dna_all, chB, mode=2
PyMOL>zoom hbond
PyMOL>remove resn hoh
PyMOL>color red, chB
Сделала цепь B красного цвета.

Водородные связи между белком (chain B) и ДНК из соседних ячеек:

Атомы цепи B	Атомы молекул ДНК
3HDD/B/LYS 55/NZ	D/DA 341/OP2, D/DA 341/05
3 HDD/B/ARG 5/NH2	D/DA 342/N3
3 HDD/B/ARG 5/NH1	C/DT 203/02, C/DT 204/04
3 HDD/B/THR 6/N	D/DA 342/03
3 HDD/B/THR 6/0	D/DA 342/03
3 HDD/B/GLN 33/NE2	C/DG 205/OP1
3 HDD/B/ ARG 29/ NH2	C/DG 205/03
3 HDD/B/ ARG 29/ NH2	C/DC 206/OP1
3 HDD/B/ ARG 29/ NE	C/DC 206/OP1

Мы сами выбираем ячейку кристалла, поэтому, можно сказать, что chain B наодитя в одной ячейке, а соседняя ДНК в другой.

2. Контакты молекул 1W5D,поддерживающие структуру кристалла

Мой белок(1W5D) состоит из одной цепи (chain A).
Нашла кристаллографические характеристики "своей" записи PDB (поле CRYST1).
Внесла в таблицу против своей фамилии PDB-код, длины направляющих векторов кристалла, углы между ними, кристаллографическую группу и число молекул в ячейке.
Контакты с молекулами из соседних ячеек: 1)водородные связи(находила аналогично первому пункту)

Атомы цепи A	Атомы соседних белков
1W5D/A/GLN 405/NE2	A/ASN88/OD1
1W5D/A/ASN461/ND2	A/ASP79/OD1
1W5D/A/ASN461/O	A/SER276/OG
1W5D/A/SER8/OG	A/LYS179/NZ
1W5D/A/SER144/OG	A/PRO139/O
1W5D/A/TRP143/NE1	A/SER138/O
1W5D/A/TRP143/NE1	A/LEU137/O
1W5D/A/SER138/O	A/TRP143/NE1
1W5D/A/LEU137/0	A/TRP143/NE1
1W5D/A/PRO139/0	A/TRP143/NE1
1W5D/A/MET141/0	A/TRP143/N
1W5D/A/ARG47/NH2	A/GLU22/0
1W5D/A/ARG47/NH1	A/GLU22/0
1W5D/A/ ARG47/NH1	A/GLY441/0
1W5D/A/ARG47/N	A/GLY23/0
1W5D/A/HIS352/0	A/ARG49/NH1
1W5D/A/GLU22/0	A/ARG47/NH2
1W5D/A/GLU22/0	A/ARG47/NH1
1W5D/A/GLY23/0	A/ARG47/N
1W5D/A/ ARG49/NH1	A/HIS352/0
1W5D/A/ GLU146/OE1	A/HIS218/NE2
1W5D/A/ GLU146/OE1	A/GLU146/OE1
1W5D/A/ HIS218/NE2	A/GLU146/OE1
1W5D/ A/GLU146/OE2	A/GLU146/OE1
1W5D/A/ LYS179/NZ	A/VAL264/CG1
1W5D/A/ASN88/OD1	A/GLN405/NE2
1W5D/A/ ASP79/OD1	A/ASN461/ND2
1W5D/A/SER276/OG	A/ASN461/0
1W5D/A/SER282/N	A/HIS115/O
1W5D/A/ HIS115/O	A/SER282/N

2)гидрофобные контакты:
select hydra2, hydrophobes_chA and (hydra around 20)
На полученной картинке показаны гидрофобные связи на расстоянии 20 ангстрем от моего белка. Циановый-это мой белок, фиолетовым в нем выделены гидрофобные остатки, а разноцветное - это в соседних белках.