Занятие 6. ЯМР и биологические единицы

Главная

1.Запись PDB, полученная методом ЯМР

На сайте PDB выбрала структуру, решённую методом NMR в 2014 году (4CA9).

Рис.1. 4CA9

Запись PDB содержит 20 моделей и первая уепь состоит из 98 остатков.
В первой модели нашла связь аргинин - глутамат, образующих водородную связь между боковыми цепями. Выбрала для рассмотрения одну из них:
dist hbond, 4CA9 and resn arg, 4CA9 and resn glu, mode=2

Рис.2. Модель 1, цепь С

Рассмотрела эту пару остатков в других моделях. Она отсутствует в 2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,13,15,16,17,19,20 моделях.

Рис.3. Модель 10, цепь С

Рис.4. Модель 14, цепь С

Рис.5. Модель 18, цепь С

ЯМР решает структуру неоднозначно. То что эта водородная связь отсутствует в 16 моделях и что она отличается в 1,10,14,18 подтверждает,что эти модели довольно отличаются друг от друга. Что вполне ожидаемо от этого метода.

2.Биологические единицы

На сайте PDB выбрала структуру, у которой асимметрическая единица включает две цепи, а биологическая единица – четыре цепи (4PVL).
Скачала биологическую единицу и создала её изображение, в котором две копии ассиметрической единицы выделены цветом (циановым и оранжевым). split_states 4pvl, 1, 2, 4p

Рис.6. 2 копии ассиметрической единицы

Пример водородной связи между остатками из разных копий:
dist hbond, 4p0001 and 4p0002, mode=2
select hbond1, 4p0002 and chain B and resi 19
select hbond2, 4p0001 and chain a and resi 114
select hbond3, hbond1 + hbond2
remove all and ! hbond3
orient hbond3

Рис.7. Пример водородной связи между остатками из разных копий