Главная

Поисковые системы


1. Нахождение моего белка (DACC_BACSU) в банке SwissProt c помощью SRS

SRS


На странице Library page отметила UniPRotKB/Swiss-Prot
Выбрала Standard Query Form
В одном из полей запроса выбрала ID и внесла в окошко идентификатор моего белка (DACC_BACSU).
Нажала Search. Проследвала по гиперссылке в левом столбце таблицы.
Выбрала несколько особенностей:
1)ID DACC_BACSU_12; parent: DACC_BACSU
FT STRAND 54 61
SQ Sequence 8 AA;
MAGITVRS //
Это β-тяж из 8 аминокислот (MAGITVRS), находящихся на участке 54-61.
2)ID DACC_BACSU_10; parent: DACC_BACSU
FT HELIX 35 46
SQ Sequence 12 AA;
ALSGQIDKIL AD
12 аминокислот (ALSGQIDKIL AD) на участке 35-46 образуют спираль.
3)ID DACC_BACSU_13; parent: DACC_BACSU
FT TURN 62 64
SQ Sequence 3 AA;
AET
3 аминокислотных остатка (AET) образуют поворот на 180 градусов на участке 62-64.

2. Получение и сохранение описаний всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку


Вернулась на страницу находок.
Перешла по ссылке "Link to related information", выбрала банк PDB.
Получив список, сохранила его.
2J9P
1W5D

3. полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией моего белка

Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
DD-peptidase ((([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-SeqLength#491:491]) & [swissprot-Description:DD-peptidase*]) & [swissprot-AllText:Signal*]) 1
DD-peptidase ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:DD-peptidase*]) 8
Peptidase ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:peptidase*]) 380
DD-carbxypeptidase ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:DD-Carboxypeptidase*] | [swissprot-Description:transpeptidation*])) 7

4. Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате


Последовательность1
Последовательность2
Последовательность3

4. Белки в xls.


Таблица
©Eliseeva Julia