Компоненты структуры белка 1T90.

Пространственная структура IOLA_BACSU (PDB ID 1T90)

Заголовок структуры:
OXIDOREDUCTASE 14-MAY-04 1T90
Название структуры:
CRYSTAL STRUCTURE OF METHYLMALONATE SEMIALDEHYDE 2 DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SUBTILIS
В дoкументе представлены следующие цепи макромолекул:

Идентификатор цепи	Число остатков	Название молекулы	Комментарии
A	487	METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE	Не кристаллизовались первый и последний остаток аминокислоты (ALA and ASN)
B	487	METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE	Не кристаллизовались первый и последний остаток аминокислоты (ALA and ASN)
C	487	METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE	Не кристаллизовались первый и последний остаток аминокислоты (ALA and ASN)
D	487	METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE	Не кристаллизовались первый и последний остаток аминокислоты (ALA and ASN)

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID	Название	Формула	Число молекул	Комментарии
NAD	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(никотинамидадениндинуклеотид)	C21H27N7O14P2	4	Молекулы НАД кристализовались целиком
HOH	WATER (вода)	HOH	866	Молекулы воды кристаллизовались целиком

Я написала скрипт, который создает следующие изображения:

Пример шариковой 3D модели всей структуры .

Пример остовной 3D модели структуры только пептида.

Пример ленточной 3D модели структуры только петида.

Все компоненты структуры IOLA_BACSU.
Обозначения:
пептидная цепь A обозначена фиолетовым цветом;
пептидная цепь B обозначена голубым цветом;
пептидная цепь C обозначена бежевым цветом;
пептидная цепь D обозначена розовым цветом;
вода обозначена белым цветом;
углерод в молекулах НАД обозначен красным цветом;
кислород в молекулах НАД обозначен зеленым цветом;
азот в молекулах НАД обозначен синим цветом;
фосфор в молекулах НАД обозначен желтым цветом;
Скрипт.

N- и С-концевые аминокислотные остатки А цепи белка IOLA_BACSU

На этом ресунке изображен только один атом кислорода, потому что PHE предпоследний аминокислотный остаток в структуре (последний аминокислотный остаток ASN не кристаллизовался). © Julia Chudakova