Исследование вторичной структуры белка 1T90.

1. Описание вторичной структуры белка 1T90.


А цепь белка 1T90.




Во вторичной структуре А цепи белка 1Т90 содержится:

Количество водородных связей Количество спиралей Количество β-тяжей Количество реверсивных поворотов Тип структуры
351 19 30 45 α+β
А цепь белка 1Т90 относится к α+β белкам, так как в его структуре присутствуют α-спирали и β-складки.( это не альфа\бета белок, так как в альфа\бета белке число альфа-спиралей и число бета-складок либо равны, либо отличаются на 1.)

2. Выбор элементов вторичной структуры белка 1T90.

Для исследования выбраны элементы вторичной структуры: альфа-спираль 64-95:A,
антипараллельные бета-тяж 124-131:А и 134-142:А,
параллельные бета-тяж 367-377:А и 387-393:А,
бета-поворот 12-13:A

3. Картинки, иллюстрирующие свойства выбранной альфа-спирали белка 1T90.


Водородные связи спирали.





Водородные связи и бета-атомы углерода (красненькие)




Скрипт.
Паттерн для С-конца H(i; i+4) H(i; i+5),
Паттерн для всей спирали h(i; i+4).

Все бета-атомы углерода( кроме N-конца) отходят от спирали под одним углом.

4. Картинки, иллюстрирующие свойства выбранного бета-тяжа белка 1T90.


Водородные связи тяжа.





Водородные связи и бета-атомы углерода (красненькие) тяжа.

Скрипт.


Бета-атомы углерода( кроме N-конца) отходят от тяжа по очередно то в одно, то в другое полупрастранство относительно бета-листа.

5.Изображение реверсивного поворота.


Реверсивный поворот.




Сбета-поворот - 12Asn13Gly.
Н-связи в повороте, способной "скрепить" поворот, нет.
Скрипт.

© Julia Chudakova