 весь ДНК-белковый комплекс |
 только молекула ДНК из комплекса |
 множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы зеленого цвета |
 множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты желтого цвета |
 множество атомов азота в азотистых основаниях оранжевого цвета |
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 7 | 31 | 38 |
| остатками фосфорной кислоты | 46 | 26 | 72 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 7 | 1 | 8 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Gap penalty [12]: 15 Minimum score threshold [50]: 25 Match score [3]: 10 Mismatch score [-4]: -15При этих параметрах были найдены D-стебель и Антикодоновый стебель. Файл с результатом поиска.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-501-507-3' 5'-566-572-3' Всего 7 пар 1 неканоническая |
предсказано 0 пары из 7 реальных | предсказано 0 пары из 7 реальных |
| D-стебель | 5'-510-513-3' 5'-522-525-3' Всего 4 пары 1 неканоническая |
предсказано 3 пары из 4 реальных | предсказано 3 пары из 4 реальных |
| T-стебель | 5'-549-553-3' 5'-561-565-3' Всего 5 пар |
предсказано 0 пары из 5 реальных | предсказано 0 пары из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель | 5'-538-544-3' 5'-526-532-3' Всего 6 пар 2 неканонические |
предсказано 4 пары из 6 реальных | предсказано 5 пар из 6 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 18 | 7 | 8 |
