Геномные браузеры

Задание 1.EnsEMBL

Знакомство с EnsEMBL я начала с BLAST/BLAT. Дизайн удобный, но мне больше нравится на сервере NCBI, привычнее. Я выравнила фрагмент гена NG36 с человеческим геномом. Было найдено одно выравнивание, на странце с результатом поиска есть три раздела:
1) Alignment Locations vs. Karyotype. Содержит информацию о расположении выравненого гена на хромосомах, в данном случае ген NG36 расположен на 6 хромомоме.

2) Alignment Locations vs. Query. Изображена "схема" выравнивания.

3)Alignment Summary. Таблица находок.

В низу страницы есть три ссылки:
[A] Содержит само выравнивание

[G] На этой странице можно посмотреть на участок генома, содержащий искомый ген.

[C] Содержит два раздела:
1)Chromosome 6: 31,862,040-31,866,293
Содержит информацию о расположении искомого гена на хромосоме. Если щелкнуть по локусу на хромосоме, то получим информацию об этом локусе.

2)Region in detail
Содержит более подробную информацию о регоне хромосомы

На ней представлен регион моей хромосомы гораздо более детально.

Задание 2.UCSC Genome Browser

Я выбрала UCSC Genome Browser, поскольку для меня это наиболее знакомый геномный браузер. Мне нравится дизайн этого сервера. Здесь также есть BLAT для поиска последовательностей в геноме. Я выравнивала с геномом тотже фрагмент гена NG36, что и в прошлом задании. Было найдено несколько выравниваний.

Я пошла по первой ссылке и увидела графическое изображение запроса выровненное с возможными транскриптами - mRNA и ESTs человека. Темные прямоугольники - экзоны, стрелочки - интроны, которые также показывают направление последовательности.

Так же с помощью UCSC Genome Browser удобно искать альтернативный сплайсинг.