Классификация ферментов (EC).


1.Сбор информации о ферменте GSHR_HUMAN


1)EC-код фермента GSHR_HUMAN - EC 1.8.1.7, я его нашла в записе uniprot 2)Для расшифроки EC-кода я во спользовалась сайтом Enzyme Nomenclature.
Всю необходимую информацию я нашла на странице EC 1.8.1.7 этого сайта.

2.Поиск ферментов человека с близкими функциями, описанные в Swiss-Prot.


Я с помощью SRS выяснила, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с вашим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре.
EC-код ранг значение
EC 1 Класс Оксидоредуктаза
EC 1.8 Подкласс Взаимодействует с донарами серы
EC 1.8.1 Подподкласс акцептор NAD или NADP
1.8.1.7 номер глютатион-дисульфид редуктаза

3)Реакция, катализируемая ферментом GSHR_HUMAN:
glutathione + NADP+ = glutathione disulfide + NADPH + H+

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
ранг шаблон количество белков
Класс 1.*.*.* 571
Подкласс 1.8.*.* 26
Подподкласс 1.8.1.* 7
Номер 1.8.1.7 1

3.Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями.


1) С помощью SRS получила список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым фермента GSHR_HUMAN, их 541. Полученный результат сохранила в виде двух файлов, в одном последовательности вFasta-формате , в другом — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код. Всего нашлось 21 белков, из них у 10 совпадает подкласс с подклассом GSHR_HUMAN по EC (второе число), у 7 — также и третье, у 1 — вся классификация.
2)Пользуясь программой blastp, нашла среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с ферментом GSHR_HUMAN. Порог по e-value оставила по умолчанию, т.е. Всего белков нашлось 20 и 5 из них имеют p-value 6e-09, по моему мнению, можно считать достоверными гомологами.
3) таблицу, которая бы отражала, насколько сохраняется функция
ID белка E-value EC-код Общий уровень классификации
GSHR_MOUSE 0.0 1.8.1.7 совпадает
TRXR2_MOUSE 2e-103 1.8.1.9 подподкласс
TRXR1_MOUSE 2e-74 1.8.1.9 подподкласс
TRXR3_MOUSE 8e-74 1.8.1.9 подподкласс
DLDH_MOUSE 3e-48 1.8.1.4 подподкласс
AIFM3_MOUSE 6e-09 1.-.-.- класс
RETST_MOUSE 1e-04 1.3.99.23 класс
PYRD2_MOUSE 0.010 1.-.-.- класс
NNTM_MOUSE 0.030 1.6.1.2 класс
AOFA_MOUSE 0.080 1.4.3.4 класс


© Julia Chudakova